しかし、ブッシュ政権はまた不正をやろうとしているよう。どうなってるの。

暖かい。ハロウィンの日で、時間を１時間戻す。 朝飯を食ってから、再びローガン空港へ。YOME さんらはセーラム、その後ライオンキング。 空港でスタバる。シカゴに到着で、さらに時間が１時間ずれる。 空港からバスか電車で行こうとするもよく分からず、タ…

雨のなか、レッドソックスの優勝パレードだけ見に行く。ボストンの警察署長オトゥール（女の人）を見ることができて感激。 昼は辛いラーメン。掃除洗濯。BU へ行き、シカゴ行きの準備。 その後、YOME さんの友達を迎えにローガン空港へ。タクって帰る。 夜は…

TKTK 研の人もかなり学振が通っているみたいで素晴らしい。TKM さんも科研費が当たればいいのだが(^^ゞ。 昼はインドカレー。シカゴの準備準備。よくよく考えると会場がどこか知らんので、ベリーさんにメール。すぐ返事来る。スタバる。 夜はソーセージ。Day…

YSIK さんへ：もちろん、ブッシュにはキリスト教原理主義という強力な団体がついています。

朝から変なことに巻き込まれて面倒。 アラン帰ってた。自分のセミナ（後半）。とにかく QM/MM やれという雰囲気に。もう PEACH 使おうかな。その後、キムさんやヨンといろいろ喋る。 昼はうどん。昨日の問題は VMD の draw コマンドを使えばいいらしい。 HYS…

時系列解析。このピークは何だろ。 MYST くんともメールのやりとり。YOME さん寝不足でハーバードボロボロ。 昼はそば。スーパー８８で買い物。タピオカミルクティ。 もうシカゴの準備をせんと。しかし、だれか VMD でベクトルを書き込むやり方しらないです…

TFM 論文の最終校正を Wiley に郵送。

セミナ準備。で、自分のセミナ。Fe-S 結合をどう扱うか。固有モードを特徴づけよ。代数的アプローチでやったらどうなのか、等々。 ヨンと量子化学セミナをどうするか喋る。とりあえず来月あたりからやるか。 昼はうどん。相変わらずハーバードの宿題を溜めて…

方々にメール。 ACP 原稿をジョンに渡す。例の件でちょっとごたごた。 昼はパスタ。セミナ準備数時間。 スタバでコーヒー。 夜はカレー。「ブリジット・ジョーンズの日記」を見るも途中で飽きて寝る。

Lapack のインストールの仕方。

YG くんの VSCF 計算コードSindo-1.0 をインストールするために、まず Intel MKL Library をインストール。その後、Sindo をどうにかこうにかインストール。

昼はうどん。洗濯。 Gnuplot はこうすればカラーで ps file を吐けるのか。 夜は海老と豆腐和え。

スターウォーズ・レジェント。凹村戦争。半野喜弘「リド」。サディスティック・ミカ・バンド１枚目。青山陽一「Odorel」。加藤和彦「あの頃、マリー・ローランサン」。渚にて「花とおなじ」。半野喜弘が一番よかった。。。

ACP 論文の最後の校正。 昼はマック ($4.50)。その後、スタバでコーヒー。 やはり来週のセミナをやることに。溜まっているメールの返事を出す。 夜は鰻丼。

Fortran プログラミングの基礎知識。

アンサンブルの pdf 原稿が送られてくる。 昼はキムさんとインドカレー。諸々のことを小一時間話し合う。 ボクダンから昨日やり方だと Windows マシンでできんとの声が。Linux user を想定しました。もっといろいろ細かいことは KKB くんのアニメの作り方参…

VMD は vmdmovie コマンドで楽にアニメが作れること発見。 QNM がどれくらいダメか量る指標を計算。

しかし寒くなった。気温が７度くらいか。 昼はインドネシアカレー。おやじに頼んで辛口ソースをつけてもらう。 スパコンセンターのノードがダウンして、エラーメッセージがウィルスのように何回も送りつけられてくる(^^ゞ。止めてもらう。 ボクダンが tex を…

シェルスクリプトに関して： ステップ・バイ・ステップ・シェルスクリプト。

Eigen-vector following をやりだす。というわけでまたシェルのお勉強。

TKM さんに言われて、最新 CV 作り。××された契約書を出す。 昼はインドカレー。リンタオのフェアウェルパーティ同時開催。呼ばれなかったけど。 YOME さんは科学博物館のロード・オブ・ザ・リング展へ。 一応 Ramada からはメールを出したので返事来る。ジ…

A.F. Voter, "A method for accelerating the molecular dynamics simulation of infrequent events," J. Chem. Phys. 106, 4665 (1997). その Voter dynamics. これは一考の価値あり。

ヨンのセミナはヘムの QNM 計算と QM/MM 計算。しかし、再来週の会合に向けてお互いネタを仕込んでおかないとな。 キムさんに低温のダイナミクスを加速する方法がないか聞く。Voter hyper dynamics というのがあるらしい。 アランは結婚式等で２週間いないと…

A.E. Roitberg, R.B. Gerber, and M.A. Ratner, "A vibrational eigenfunction of a protein: Anharmonic coupled-mode ground and fundamental excited states of BPTI," J. Phys. Chem. B 101, 1700 (1997).

ボクダンに教わり VMD でアニメが見れるようになる。これは楽。そして嫌なこと発見(^^ゞ。やはり全体像を見るのは大切。

KKB くんから進展メール。 昼はそば。ACP 論文の校正が来る。 Troy と Vio のアカウントは無事復旧。 仕方ないので、ホテル Ramada を予約。さてどうなるか。 夜はカレー。今日こそは Holes を見る。シガニー・ウィーバーら大人が怖くないのがなんとも。まあ…

CHARMM の別バージョン c31a1 も試すも、結果が違う。

TKM さんとメールのやりとり。 昼は焼きナス。 BU にジョンやプリティもなぜか来ている。買い物。６キロマラソン。 夜はカレー。元ストラウブ研の Troy と Vio のアカウントを消してしまったので、なんとかしなければということに。ああ、めんど。

いい加減切りをつけて、時系列を取り始める。