NEMD はよく分からなくなってきたので、Nguyen-Stock にメール(^^ゞ。 その後、非断熱半古典デバッグ続き。なんとか安定性行列のヤコビアンが１になるとこまでは行った。

TKHS くんと半古典論の将来に関してメールのやりとり。 昼はパスタ。ジョン、リンタオ、ヨンにもメール。 ボクダンから MatLab を薦められる。 夜はカレー。ローズマリーの赤ちゃん DVD を見る。

D. Ruelle, "Extending the definition of entropy to nonequilibrium steady state," Proc. Nat. Acad. Sci. USA 100, 3054 (2003); “Natural nonequilibrium states in quantum statistical mechanics,” J. Stat. Phys. 98 (1-2): 57 (2000); "Entropy pro…

NEMD はやはりクエンチした基準振動でやるのに無理があるのか。

柳尾くんの生物物理原稿を読む。Nguyen-Stock も読み返す。 スタマのコーヒーを買うも、まずい。 昼は冷やしそば。 BU 本屋で本の値段チェック。スタバの豆も買う。435g で約９ドル。 うーむ、pdf ファイルがうまく作れん。 夜はピザ・ドリトス。ACS 会費は…

行列式のサブルーチンでなぜかコケル。 非平衡 MD を試すも挙動不審。

昼はサンドイッチ（ローストビーフ）。こればっか。 諸方面にメール。「アンサンブル」用の原稿を甲賀さんに送る。 夜は餃子等。疲れて寝る。

中華系のスーパー Super88 に初めて入る。いろいろ安いらしい。 その後スタマで買い物。 夜はハンバーグ。Bruce Almighty を見る。

だるい。 昼はインドカレーとタンドリーチキン。 その後、ダウンタウンクロッシングで買い物。吉野屋、スタマで買い物。 夜は冷やしうどん。MYZK さんとボルツマンメダルや統計力学の将来などについてメール交換。

非平衡MD コード書き。するも、いろいろ問題があって SGMR くんに聞く。

昼は冷やしうどん。 YOME さん TOEIC の結果が来る。大台らしい。いいかげん働きなさい(^^ゞ。 Tea party はリナと映画のことなどを小一時間話す。黒澤明の「乱」とか素晴らしいと言ってました。あとトランジットで成田空港から中国に行く際にいろいろ忘れ物…

Nguyen-Stock の意味での非平衡 MD をやりだす。

YOME さんの PC が何回も異常終了するというので、MICROCENTER で 120GB HD ($220) を買って、データをバックアップしながら、PC の中身も整理。 昼はパスタ。３キロマラソン。 夜は麻婆豆腐。デフラグやディスクスキャンをするも、ディスククリーンアップで…

Ehrenfest の生涯。子供を殺した後に自殺していたとは。考えさせられます。

その後、ハーバード本屋で Kanz and Schreiber の Nonlinear time series analysis を買う。ついでに Brian Wilson も買う。

CHARMM のインストールは成功。KKB くんが CHARMM ノートに書いているようなことが問題でした。

アランのセミナは統計ポテンシャルで Alanin peptide のαへリックスが出来るかどうか。うーむ、むずいなあ。 昼はハーバードで MYZK さんとタイ料理屋。そうすか、ボルツマンメダルは Stanley と Cohen にねえ。 夜は鰻丼。

TF 論文改訂は終了か。

はてなアンテナをつかってみるも、YSIK さんにすぐ気づかれる(^_^;)。しかし、これで初めて気がついたけど TRMT くんの日記のタイトルってすごいね。 オロエデさんやふっちーにもメールを出してみる。 昼はパスタ。文献整理。ヨンにいろいろ CHARMM のことを…

TF 論文とレフリーレポートへの対応テキストを改訂。 非断熱半古典バグ取り。うう。安定性行列の計算がうまくいかん。

昼は焼きうどん。 洗濯に行くも、洗濯機が壊れてて３ドル以上損する。リンタオにコメント。 YOME さん３キロマラソン。 夜は親子丼に MYZK さんに頂いたワサビふりかけ。

昼は MYZK さんと中華街の China Pearl で。飲茶形式でこれが安くてうまい。 その後、ボストンコモンなどを散策。T シャツなどを買って帰る。 夜は牛肉パプリカ炒め。Seabiscuit を途中まで見る。

YOME さんは TOEIC を受けに。 こっちは郊外のベッド屋などを散策。 夜は牛肉ステーキ。

Cootie のような Linux cluster で CHARMM をインストールするには一工夫する必要があるらしい。ああ、めんどい。 TF 論文を改訂して送る。

昼はインドカレー。うめえ。 中古 CD 屋に入るもシステムが分からん。 松永くんからもう ACP 論文は校正でしか訂正できんとメール。 あっさり tea party. ボクダンがファイルが消えない消えない言っている。 夜は焼きナス。

ACP 論文をさらに改訂。TKM さんの改訂論文を見る。

昼はサンドイッチ（ローストビーフ）。 いまいち体調が優れないし、いまだに計算機センターのマシンに CHARMM をインストールできないので(^_^;)、「アンサンブル」用の原稿書き。とかやっていたらあっという間に時間が過ぎる。 夜はお好み焼き。物の怪姫後…

サブルーチン作りは大体終了。TKM さんのレフリーコメントを改訂。

暑い。 昼はそば。洗濯。松永君らの論文をダウンロードするも、重すぎます。これで 30 MB というのは病的です(^_^;)。 計算機センターに入っていろいろやるも、CHARMM がうまくいかん。tar ができないとはどういうこと？ その後、リンタオとわれわれの論文の…

D.J. Wales, Energy Landscapes, Cambridge Univ. Press, Cambridge (2003). こんな本がもう出てるとは。