Nobuyuki Ota and David A. Agard, "Intramolecular Signaling Pathways Revealed by Modeling Anisotropic Thermal Diffusion," J. Mol. Biol. 351 (2005) 345-354. これは面白い。

なんとか光明を見出せたか。いや、分かりませんけどね。 フッチーと染田さんの derivative state analysis や分子内のフレームに関して議論。 しかし、ちっともドラフトは書けないので、フロイドやマットに御免メール。

やばいやばい。 昼は FCGM くん、MYST くんとインドカレー。注文したのと違うケチャップ味のカレーが出てくる。分子研の次期理論教授は誰かなどの話題を。 ヨンから GaussView の基準振動表示のことを教わる。これは面白い！ カンポでエスプレッソ。トロント…

ヨンのデータをいろいろいじるも難しい。やはり少数量子多体系の不可逆性とは何かという問題に戻らざるをえん。今まで目をつむっていた罰か。。池田さんや、Wolynes の量子系の話も結局、全系をどうシステムとバスに分けるかは given だったわけだが、一個分…

急激に暖かくなった。18度ほど。 Batman Begins を見終わるも微妙。これはいい映画なのか？クリスチャン・ベールがどうみてもアメリカン・サイコの変態にしか見えん。。 気がついたら夏時間が終わり。時計を1時間戻さないと。 昼はトマトリゾットと豚肉残り…

今更だが、マットに確認メール。ヨンの昔のデータの解析。 YG くんからもらった sindo も動かさんと。

進みが遅いので、土曜でも道路工事をするようになった。〆切が迫ると、どこも同じですなあ。 David Coker が子犬の散歩をしている。 昼は昨日食べ過ぎたんでなし。エスプレッソのみを買う。Coker 研のトムに会う。 結構雪が降りだしたぞう。 ボグダンとティ…

線形応答理論の成立。中嶋貞雄先生の記事にダイレクトにリンク貼れず。。しかし、この記事は含蓄が深いです。

ジョンと議論。マットへの返事をどうするか。論文に何を書き加えるべきか。 タンパク熱伝導プロジェクトもちょっと動き出したか。ヨンが(^^ゞ。そしてヨンのデータを見返す。これがなかなかいいのでは。

YOME さんの自転車のパンクを直しに。 いろいろ〆切が近づいてくる。というわけで、昼飯は一人でカンポ。 ティーがあるも参加せず。 その後、カンポで雑談。ノーベル賞は日本人なら誰がとるかという話とか。この手の話をすることが多いなあ。 夜は FCGM くん…

１０時から FCGM くんのセミナ。アデニール酸キナーゼ(AK= Akinori Kidera ではない) の構造変化について。やはりどうオープンからクローズになるか、ということを反応経路なり TPS なりでダイレクトにやりたいところ。 ジョンから岡本さんのメアドを知らな…

Cumulant 展開でとうとう久保富田論文まで遡る。時間畳み込みのないマスター方程式は70年代に日本人がいろいろやっていたことも分かる。 マットからとうとう緩和時間 T1, T2 に関する予備的な実験結果のメール。むーん。

洗面所のつまりで、大家のディックを呼ぶ。３メートルくらいの工具を使って直したとのこと（YOME 談）。 アムネットに電話して旅券を買う。 昼は FCGM くんと Bertuzzi。その後、BU 本屋のスタバ。ちょっと店内をうろうろ。 キムさんやってくる。キース研は…

朝っぱらから N氏見かける！ 洗面所を詰まらす。書類を提出しなければならないというのに。。 出るも、ムチャクチャ強風。傘が意味をなさん。 なんとか１時ごろには書類書きを済まし、速達。その後、FCGM くんとインドカレー。よもや話。 帰って、研究関連の…

大学教員公募についてのメモ（MYZK さん情報）。

洗濯。K 大用の書類書き。 昼はカレーうどん。 いろいろしている間に FCGM くんを迎えにいかなければいけない時間に。 ターミナル B-1 に最初行って係りの人間に聞くも埒が明かないので、B-2 の方に行くと無事会える。そこからタクシーで Farrington Inn へ…

洗濯。散髪。コンビニに買い物に行くも、兄ちゃん同士が筋肉談義。 昼はキムチ焼きうどん。 ６キロマラソン。チャールズ川では昨日から引き続きレガッタ大会をやっていた。 BU でいろいろ書類書き。しかし、面倒なんで産総研は止めに。 夜はカレー。論文読み…

なんだかんだで、Cumulant 展開はイマイチ分かっていない。Van Kampen の話まで遡る。 タンパク熱伝導プロジェクトを関係者にメール。 TKN さんからも transition path sampling に関してメール有り。元金子研の森田くんが今 TKN 研で PD をしているらしい。

さみ〜。 昼はカンポでサンドイッチ（コモ）。 プリンターが詰まって何度も中をのぞく。するとヨンがやってきて、ヨンと議論。今後の非平衡 MD に向けての方針など。 カンポでエスプレッソ。 夜は久々に自宅カレーか。

L.L.Bean. 結構カッコいいなあ。ボストン内には店はないのか？

アムネットに行って航空券を仮押さえする。ついでに赤川次郎や悪魔の飽食などを借りる。 昼はニューベリー通りの寿司屋に行く。しかし、量が少ない。その後、スタバ。 ４時から Feng ホストのティーパーティ。中国菓子やお茶など。 カンポで MYST くんと振動…

アメリカから札幌に行く場合、どういう空路がいいのか、誰か教えてください。

一分子システムの統計力学：生体分子機械の物理的理解に向けて。これに参加するのはさすがに無理か。。

YOME さんは大学時代の友達が亡くなったということで大変らしい。 ラッセルのセミナは BU の BlueGene について。NAMD と Gamess が使えるようになったが、後者はまだ遅いと。そして、いまはまだアメリカ人しか使えんと(^^ゞ。 昼は YOME 製弁当。 経営学科…

E. Rabani E, D.R. Reichman, G. Krilov, and B.J. Berne, "The calculation of transport properties in quantum liquids using the maximum entropy numerical analytic continuation method: Application to liquid para-hydrogen," PNAS 99, 1129-1133 (…

タンパク熱伝導計画始動か。

プリゴジンらしき人をやり込めている夢を見る。。 昼はゴランさんらとファカルティー食堂でフリーランチ。ハーバードの女の子は Coker 研に行くことに決めたよう。 ２時からゴランさんのセミナで "Quantum Dynamics in Liquids through Numerical Analytic C…

Vijay Balasubramanian, Per Kraus, Masaki Shigemori, "Massless black holes and black rings as effective geometries of the D1-D5 system," hep-th/0508110. おお。素粒子の論文で acknowledge されてしまった。。って SGMR くんがいるからですが。

おお。CHARMM の c32a1 には反応経路を計算する TReK というモジュールがあるのか。 生物物理学会用のネタを考える。数ピコ秒を過ぎると、いかに flexible な物体で振動緩和を記述するかという難問に突き当たりますな。

YOME さん気分が悪くなり早退。 ラッセルが髪切ってる！ Goran さん、MYZK さん、SGMR くんからメール。TKN さんに transition path sampling 絡みでメールを出しておく。 ２時半から YOME さんがいないんで代わりにシェンと小一時間喋る。思い出せないくら…