チトクロム c の真空中の計算をやりだす。 CHARMM のユーザーサブルーティンの使い方を学ぶ。が、これがさっぱり分からん(^^ゞ。

昼はそば。 おお、もう給料から税金(Social security tax と medicare tax = アメリカの年金みたいなもの。永住しない人間にとって意味なし！)が引かれとる。 WERS を聴くも、チャラが流れていた。あと往年のピチカートVなども流れます。 夜はお好み焼き。

昼はパスタ。 洗濯中に「キリストの誕生」読み進める。 KMTZK さんからメールが来たので、神戸の研究会に出ることに。 夜はハンバーグ。 Shot in the Heart DVD （HBO のテレビ映画版） を見終わるも、本のような感動はまるでなし。収録されていたマイケル・…

昼は辛ラーメン。 外に出るも暑いくらいか（最高温度１度まで上がる）。 ファイアーアラームの誤動作がうるさい。 ボクダンとどのアンサンブルをとるのが計算にはいいか話す。 夜はクーリッジコーナーの寿司屋 Takeshima。しかし、寿司ネタは味がしなくてダ…

NRVS をヘシアンなしでどう計算するかということも考える。

昼はうどん。 とうとうノーパソの CD ROM ドライブが壊れる。だいたい２年くらいが寿命なのか。 ティーでは中国映画も供される。 夜は牛肉。プリズナー The General を見る。 話は面白いが、結末が例によって分からん。「イエスの生涯」を読み終わる。

洗濯しようとするも、洗濯屋改装中。というかオーナーが変わったらしい。で、２番目に近い洗濯屋へ。 昼はインドカレーを大量に。 Life in Aquatic with Steve Zissou を見るも絶望的なほど英語が分からん。で心の目で見る。 SGMR くんはお忍びでカルテクに…

計算を流し続ける。チトクロム c のほうは並列化がうまくいかないアルゴリズムを使っているよう。ミオグロビンと比べて、原子数が半分くらいなのに、計算時間がミオグロビンの 1.5 倍もかかる。

昼は辛ラーメン。 YG くんにも言われたんで、Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods を注文する。 夜は親子丼。 Passion of the Christ 見終わる。プリズナー A, B & C も見る。

ボクダンからもらったファイルを使って、ベータアミロイドもやりだす。

午前中は待機。 昼はうどん。BU 橋が行きにくいのは相変わらず。 計算機センターは使えるようになっているし、ジョンは来ている様。 夜は鰻丼。Passion of the Christ を途中まで見る。

ちょっと無理をして予稿を書く。提出。

午前中は待機。 計算機センターにアクセスできず。アランともどもジョンにメールするも返事なし。 昼はおしるこ。餅食いすぎ。 BU に行くも雪が大変で靴擦れ。そして、部屋の天井がいくつか雨漏りのせいで抜けている。 夜はカレー。

昼は辛ラーメン。ちょっと無理をして外に出てみる。こんな感じ。 Vanity Fair も買ってみるも新情報は殆どなし。 夜はカレー。メールを各方面に出す。吉田さんと久々にやりとり。

洗濯。 昼は辛ラーメン。 ストームというかブリザードが来るというので家に篭る。 うる星やつら２ DVD を見る。意見が割れる。 夜はカレー。

J. Habasaki, K.L. Ngai, and Y. Hiwatari, "Time series analysis of ion dynamics in glassy ionic conductors obtained by a molecular dynamics simulation," J. Chem. Phys. 122, 054507 (2005).

Vergoten さんによると、今その問題はやってると。PCA はとりあえずの結果が出るもまだまだ改善の余地あり。

クソ寒い（−１２度）。Weather Channel のアイコンはストームが来るというのでブリンクしている。 昼はそば。ティーでチャイナガールと話す。リナも帰ってきたようだな。 ボクダンと PCA、PME、ルーマニア、NEET のことなどを小一時間話し合う。 夜はおでん…

H. Fujisaki and J.E. Straub, "Vibrational energy relaxation in proteins," PNAS (to appear); e-print q-bio.BM/0412048. eps file が変な風になっていた問題は eps2eps を使った v3 で解決。去年の今頃と同じことしてるな。。。

CHARMM フォーラムで SPASIBA は実はまだちゃんと実装されてないことを教わり、開発者の G. Vergoten 氏にメール。 昼はうどん。 物理学会５０周年特集の生物物理関連の記事（大沢文夫、和田昭允）を眺める。 夜はクラムチャウダー＋各種サラダ。 眩暈を最後…

K. Yasui, T. Tuziuti, M. Sivakumar, and Y. Iida, "Sonoluminescence," Appl. Spec. Rev. 39, 399-436 (2004). 大槻研時代の先輩、安井さんからレビューを送ってもらう。今はソノフュージョンというので揉めているわけですか。

チャールズ川の表面に氷貼る。昨日よりはましな寒さ。しかし、零下１０度ほど。 ジョンから給料値上げの件はこのままではダメだと。Senior Research Associate にならんといかんらしい。そういうことは早く言ってよ。 昼はバーガーキングでチキンバーガー。 …

P. Derreumaux and G. Vergoten, "A new spectroscopic molecular mechanics force field. Parameters for proteins," J. Chem. Phys. 102, 8586 (1995); P. Lagant, D. Nolde, R. Stote, G. Vergoten, and M. Karplus, "Increasing normal mode analysis ac…

しかし風が強く体感温度は零下２０度。そんななか買出し。 自転車のサドルがまた変な風になっている。 昼はそば。ボクダンから「外は暑くないかい」と言われる。 Elaine に書類出す。このために来たようなもの。 学生がジョンの授業はどうなるのだと聞きに来…

I. Daidone, A. Amadei, D. Roccatano, and A. Di Nola, "Molecular dynamics simulation of protein folding by essential dynamics sampling: folding landscape of horse heart cytochrome c," Biophys. J. 85, 2865-2871 (2003). Essential dynamics を…

キング牧師の日で休み。 明日は零下１０度以下になるらしい。散髪。 昼はパスタ。エレベータで液体容器を移動するのを手伝う。 しかし、計算機が混んでいる。チトクロム c でうまく行かなかった問題は CHARMM のバージョン番号を入れてないからだけか(^^ゞ。…

F. Massi and J.E. Straub, "Structural and dynamical analysis of the hydration of the Alzheimer’s β-amyloid peptide," J. Comp. Chem. 24, 143 (2002). これはなかなか参考になります。やはり、この系で時系列をとったほうが楽かなあ。

昼はうどん。 A.B.M. Linssen のD論 (Essential dynamics について書かれているもの)を眺める。 夜はハンバーグ。トリック３第１話を見る。もう４年も前ですか。

B. Tarus, J.E. Straub, and D. Thirumalai, "Probing the Initial Stage of Aggregation of the Aβ10-35-protein: Assessing the Propensity for Peptide Dimerization," J. Mol. Biol. 345, 1141-1156 (2005); A.E. van Giessen and J.E. Straub, "Monte C…

洗濯。 昼は辛ラーメン。 IBM クラスターは連続して５時間しかジョブが流せないのが問題。 硫化メチルの問題は解決するも、これは ab initio をやらんと意味ないな。勝手にモデル化してるだけ。 YOME さんはハーバード打ち上げ呑み会なので、夜は家でピザ。