ヨンから論文の件でメール。ゲラルドもいつの間にやら論文を submit していた。。 実家でもらったかりんとうを持っていく。 昼はマグロカツ。スポーツ関連の話など。 徐々に引越し開始。クーラーの臭いもだんだん収まってきたか。 5時ごろにはだいたい終わる…

梅雨の晴れ間。昨日とは変わって暑い。 カスピ海ヨーグルトを試すも、この腐っているようなねっとり感は。。 MTNG くんと新しい居部屋を見に行く。まだパーティションを組んでいる段階。 昼はハンバーグ。コーヒークラブの立ち上げを宣言。。 4時ごろに大体…

T. Takami and H. Fujisaki, Resonant Analytic Fields Applied to Generic Multi-state Systems, J. Mod. Opt. to appear, e-print arXiv:0806.4217.

マンションが9時から4時まで断水らしい。 ゲラルドからさっそく改訂版が送られてくるので、さらに直す。 昼はタンドリーチキン（もどき）。ミュージカルの話など。ISKW さん IKKO になる決心をしたらしい。。 string 法第０バージョンは完成か。 R さんに言…

Ron Elber and Quentin H. Gibson, Toward Quantitative Simulations of Carbon Monoxide Escape Pathways in Myoglobin, J. Phys. Chem. B 112, 6147-6154 (2008).Sandipan Mohanty, Jan H. Meinke, Olav Zimmermann, and Ulrich H. E. Hansmann, Simulatio…

SGT さんは東工大に集中講義に行っていると。 うーむ、string 法の実装は何か変。。 昼はカニ入り野菜炒め。 雑誌会。Ron Elber のミオグロビンの話と、Hansmann のフォールディングの話。Elber のはちょっと微妙だが、まあ、やりたいことは分かる。Hansmann…

Quiz Time Shock. MRYM さん始め、当時の大槻研の面々が出てます。

Koji Maruyama, Franco Nori, and Vlatko Vedral, The physics of Maxwell’s demon and information, To appear in Rev. Mod. Phys. デーモンがかわいいと評判。

string 法を実装しだす。 昼は生姜焼っぽい定食。オカルトの話など。 Tully で豆を買ってみる。挽いてくれました。 ISKW さん風邪らしい。こっちもちょっと風邪ぎみに。。 分子スケール班で部屋の様子をチェック。来週には入れそうか。 OGS さんら R さんと…

AdK の構造変化を見るところまでやる。 昼は鶏肉シソ巻揚げ。数理科学と水木しげるの「神秘家水木しげる伝」を買う。 ２時から森次さんの Langevin ダイナミクスのセミナ。水の摩擦係数と粘性の温度依存性が逆なのは何故か。。 その後、KDR さんと string 法…

Plastic network model を実装しだす。 昼は掻揚げそば。大泉学園の幼稚園ではいまだにおばＱ音頭をやるらしい。 1時から、「カオスとその応用」に出る。斉藤くん（はこだて未来大）の話は間欠性の solvable model の話で非常に分かりやすい。アグンさんはち…

PCCP の impact factor は上がりつづけて今3.343らしい。

Q. Lu and J. Wang, Single Molecule Conformational Dynamics of Adenylate Kinase: Energy Landscape, Structural Correlations, and Transition State Ensembles, JACS 130 (2008) 4772. もう早くやらんと、すくなくとも AdK に関してはやることなくなり…

やはり NHK 教育は面白いなあ。 昼はカツカレー。結構みな TV 見てないですな。。 その後、SGT 部屋のソファの話など。 MRTG さんと２状態粗視化モデルの話を少々。Wang も最近やっているらしい。 PLoS Comp. Biol. の最近の論文を眺めてみる。結構いいのが…

Y. Yonetani, Y. Maruyama, F. Hirata, and H. Kono, Comparison of DNA hydration patterns obtained using two distinct computational methods, molecular dynamics simulation and three-dimensional reference interaction site model theory, J. Chem.…

研究室のクーラーのフィルター替え。同じ部屋でも蚊が来る場所とそうでない場所があるらしい。。 昼は白身魚のトマトソース煮。ドラえもんの話など。 On the fly string 法で使われている漸近解析について考える。 4時から雑誌会。今井さんの話で、最近の 3D…

朝、歩いて迷いそうになる。 定期購読する雑誌のリストを送る。 昼は豚カツ。近くの公園の話など。 2時から松本さんによる業績登録の説明。ぜんぶ ISKW さんに任せたくなるが。。 その後、分子スケールで新しい居部屋の相談。 ゲラルドに論文の件でメール。 …

A.C. Pan, D. Sezer, and B. Roux, Finding Transition Pathways Using the String Method with Swarms of Trajectories, J. Phys. Chem. B 112 (2008) 3432. On-the-fly string と同じか？ Autobiography of James T. (Casey) Hynes, J. Phys. Chem. B 112 …

やっぱり Vaio T から G に変更してもらう。ISKW さん、すみません。 昼はそば。昨日の地震の話や、テレビの話など。R さんに Hynes の話を聞く。 2時ごろから自分のセミナ。構造変化にこれからどうアプローチするかについて。On-the-fly string 法の説明で…

免許の住所変更で朝霞警察署へ。 その後、理研。セミナ準備。 昼はイタリア風チキン。サメが多くとれる地方でサメのタンパクに関するノーベル賞が出た話。あとハーバードと理研で HARIKEN というプロジェクトが動いているという話。。 MTNG くんと回転をどう…

雨がひどいので電車を使う。ドトールで一息。いってらっしゃいと言われない。。 なんとか samba の設定なども終わる。SElinux とか分かってなかった。 ゲラルドから催促メール。Skype を使いたいらしいので、インストールする。 昼は韓国風。その後、MYST く…

SGT さんらと研究者夫婦についての話。 昼は食堂でそば。タバコと癌の話。分子レベルでどうやるか。 小串さんにミルクもらう。 飯高さん（元大槻研）や丸山さん（元大槻研）と Tully で四方や話。子供が９歳と５歳で大変だと。 4時から SGT 研論文紹介。親水…

梅雨の晴れ間か。早めに出る。 朝霞中学校は不協和音を鳴らしている。陸上自衛隊は朝から走っている。 いろいろ再インストール。 昼は食堂で、鶏肉のササミ的なもの。 再インストールは続く。 森次さんと Tully で今後の方針を話し合う。しゅみしゅみ班とし…

2時から福田さんの発表。ノンハミルトニアン系でも保存量を持つような integrator の開発。 NVIDIA だと VMD がうまく動かん。 古田さんといろいろ長話。 5時ごろからひどい雷雨。理研内に停電注意も出る。朝霞の部屋は停電したらしい。 その後、和光の彩菜…

２８度。むしむし。これが日本の夏か。。 健康診断の結果を取りに行く。中性脂肪が高いか。。 昼は生協のパンとコーヒー。やはり日本のパンは味気ない。 いろいろ雑務処理。SGT さんらと来るかもしれないPDの話。 夜は明太子と白米＋野菜炒め。やはりこしひ…

Astha Sethi and Srihari Keshavamurthy, Bichromatically driven double well: Parametric perspective of the strong field control landscape reveals the influence of chaotic states, J. Chem. Phys. 128, 164117 (2008). おお、初めて部外者に refer …

りそな銀行にいろいろ問い合わせ。 昼は白身魚の大根和え（本当か？） 2時から分子スケール班ミーティング。古田さんの Fatty Acid Synthase の話。 その後、KDR さんと今後の方針について。 歩いて朝霞。荷物の運搬作業は終わっていた。。 夜は回鍋肉定食な…

T. Neusius, I. Daidone, I.M. Sokov, and J.C. Smith, Subdiffusion in Peptides Originates from the Fractal-Like Structure of Configuration Space, Phys. Rev. Lett. 100, 188103 (2008). 昔こんなことやってたなあ。。MTNG くんの論文が refer されて…

和光駅前クリニックで健康診断。１２０００円なり。 昼は食堂でラーメン。 その後、MTNG くんと時系列解析（multi-taper 法）の話。ふむふむ段々分かってきたような。。 早めに帰ってガスコンロなどを買う。 夜は刺身など。

Gerhard Stock, Kingshuk Ghosh, and Ken A. Dill, Maximum Caliber: A variational approach applied to two-state dynamics, J. Chem. Phys. 128, 194102 (2008). お、ゲラルドのこの話も出ましたか。