S.D. Chao, J.D. Kress, and A. Redondo, "Coarse-grained rigid blob model for soft matter simulations," J. Chem. Phys. 122 (2005) 234912. そのチャオさんの論文。これは早くペプチドに応用したいところか。

15度ほどでひじょうに暖かい。春のよう。 実家に戸籍謄本送ってと電話。 昼は台湾大のチャオさん（元中村研同僚）と待ち合わせて Bertuzzi で。いろいろここ3年の話を聞く。相変わらず解析的な話をやっていて、それの粗視化モデルへの応用をやっている。経験…

Markov Chain Monte Carlo Simulations And Their Statistical Analysis: With Web-based Fortran Code (Hardcover) by Bernd A. Berg, World Scientific Publishing Company (October 28, 2004). 今日の Berg さんが参照していた本（らしい）。

12時からウェイリンのセミナ。Aβペプチドのラクタンボンドが与える構造への影響について。 昼はインドカレー。 論文書き。その後、大家が来るというので家に帰る。まあ、トイレの件もいい加減に処理されてしまったか。。家を見に来るカップルも現れる。やは…

昼は辛ラーメン。 気が付くと引越作業。いろいろ本などを移動。 またシンクが詰まる。いろいろやるが埒が開かん。。 スタマに clog remover を買いに行く。郵便局で段ボール箱も買う。 いろいろ解約の仕方を調べる。 夜はゴーヤチャンプルー。やはり沖縄行き…

誰か買ってください(^^ゞ。ここ参照。お安くしときます。

S.A. Adcock and J.A. McCammon, "Molecular dynamics: Survey of methods for simulating the activity of proteins," Chem. Rev. 106 (2006) 1589-1615. 最近の話まで入っている生体系 MD のいいレビュー。

YG くん、sindo-1.3 を完成。CI 行列の生成が７倍は速くなった。素晴らしい。 gromacs でも CHARMM 力場を読めるようになったらしい。 昼は昨日のチキン残り。 ちょっと BU 図書館寄ったり。 論文用の追加計算。 スタバ。引越のことなど。 夜はアボガ丼など…

昼は特になし。 スタマに買出し。洗濯。論文書き。YG くんと少々打ち合わせ。 夜は久々にチキン丸焼き。例によって YOME さん興奮気味。 また Dr. Wayne Dyer の番組を見てしまう。その中で紹介されていた Left to Tell を翻訳することを思い立つが、もうや…

ゴジラ対モスラを見る。 昼は鮭パスタ。 スーパー88とスタマに買出し。 夜は納豆ご飯。 Elsevier の style file をもってきて論文書き。

I. Bahar and A.J. Rader, "Coarse-grained normal mode analysis in structural biology," Curr. Opin. Struct. Biol. 15 (2006) 1.

昼は 711 のドーナツ＋コーヒー。 研究室の流しの掃除など。作業。 夜は焼鮭。 UK Music Hall of Fame を見る。しかし、Brian Wilson は社交性がないなあ。プリンスもバンドをラスベガスに置いてきたと。Dusty Springfield の曲を歌った Joss Stone はえらく…

昼は辛ラーメン。 家で作業。引越関連の情報も集めだす。 夜は YOME さんの友達のジョンソンとサンクスギビング夕食。とにかく量が多かった。インディアンプリンというのがちと珍しいか。ダビンチコードや北朝鮮の話など。南北統合はありえないと。

KB さんからセミナ受諾メール。次は日にちを決めんと。 昼はカレーうどん。いい加減、飽きまろ。。 ハミーからサンクスギビングということでメール有り。 スタバ。MYST くんは明日結構大変らしい。 夜はフランスパンとチーズなど。ダビンチコードを途中まで…

D.A. Micha, A. Leathers, and B. Thorndyke, "Density matrix treatment of electronically excited molecular systems: Applications to gaseous and adsorbate dynamics," in Quantum Dynamics of Complex Molecular Systems, (Springer, 2006). YG くん…

VCI 計算は続く。収束性チェック。 昼はドランクンヌードル。スタバ。 TRMT くんの R 研での発表は面白そうだなあ。というか先を越されてる(^^ゞ。 いろいろ煮詰まる。ちょっと書き物をして整理しないと。 夜はカレー。Ice Age 2 Meltdown を見る。

しかし、最近起きれんなあ。。 NAS1 がまた変なことになっている。sync V1 0.0% と出て HD がシンクロしないらしい。 昼はパスタ。その後、スタマに買出し。 VCI 計算で、ダイナミクスの収束性をやりだす。 スタバ。新撰組の話や教育問題などについて。二十…

散髪。TV で Girls next door を見たり。。 昼はパスタ。その後、BU。今日は結構寒い。 VCI 計算はモード数をいろいろ変えて試す。 夜は鮭+ジャガイモなど。 ついに二十日鼠と人間を見る。最後にこれはウルトラマンのジャミラの話に近いよと言ったら、「その…

I.T. Arkin, "Isotope-edited IR spectroscopy for the study of membrane proteins," Curr. Opin. Chem. Biol. 10 (2006) 394. これと Curr. Opin. Struct. Biol. を混同していたことが後で発覚。

昼は辛ラーメン。 6キロマラソン。 YOME さんは変なゲームにはまっている…。 夜はとんかつ。家の中が油臭くなる。。 二十日鼠と人間を見ようとするも見れず。明日は見んと。。

A. Nagy, V. Prokhorenko, and R.J. Dwayne Miller, "Do we live in a quantum world? Advances in multidimensional coherent spectroscopies refine our understanding of quantum coherence and structural dynamics of biological systems," Curr. Opin.…

なかなか最近起きれん。。 昼は昨日の夜のパスタのせいで胃もたれするので、なし。 VCI 計算ははまる。YG くんにお助けメール。 スタバ。いかに派手なことをやるかについて。 夜は海老豆腐。ゴランさんからもらったクロアチアの酒を呑むも度数が高すぎて撃沈…

A. Caflisch, "Network and graph analyses of folding free energy surfaces," Curr. Opin. Struct. Biol. 16 (2006) 71. 昨日キムさんに勧められた論文。興味深い。

体調が悪いので自宅作業。なまけているだけのようにも。。 昼は納豆うどん。 VCI 計算の収束性でまたまた悩む。というわけで、YG くんとチャット。（元）TKTK 研の面々は呑み会があったようですな。。 夜は鮭パスタ。明らかに食べすぎか。オーメンを見る。

D.T. Crommelin and E. Vanden-Eijnden, "Fitting timeseries by continuous-time Markov chains: A quadratic programming approach," J. Comp. Phys. 217 (2006) 782. ラッセルから勧められたもの。これは物理的だし、いいかも。

早速ドイツ勢から返事メール。速いなあ。 12時からラッセルのセミナ。Diffusion kernel とやらの話だが、さっぱり分からず。しかし、バイオインフォでは非常に重要らしい。 その後3時からカーボンナノチューブの実験の話だが、何が面白いのかさっぱり分から…

H. Gohlke, C. Kiel, and D.A. Case, "Insights into protein-protein binding by binding free energy calculation and free energy decomposition for the Ras-Raf and Ras-RalGDS complexes," J. Mol. Biol. 330 (2003) 891. MYST くんから勧められた論文…

語学学校から12月29日から泊まって大丈夫だとメール。というわけで、29日に行くことに決めて、デルタ航空でチケットを取る。 Stock 研の Roman からもメールくる。真面目そうだなあ。 昼はうどん。 VCI 計算の続きと振動緩和計算。スタバ。 夜はアボガ丼+ホ…

Sonja から保険のことでメール来る。Amnet にドイツ行きの旅券の問い合わせ。 昼は辛ラーメン。今日も重役出勤か。。 Gerhard に論文関係のメール。ヨンは CPMD メーリングリストに懸案事項をポスト。 スタバ。YG くんと振動計算について話す。 PRA から ent…

寝たおす。 昼はリゾットと昨日の残り。 フンボルトの保険のことを調べる。 論文読み。 夜はリゾット残り＋カニカマサラダ。 Azian Network で「のだめ」がやっている！