YOME さん、なんとか PCA までたどり着く。このレベルでもいろいろ面白いことがありそう。 多原子分子の IVR の問題は考えれば考えるほど、IVR しない方向に行くなあ。

フッチーにチトクロムｃも計算してメール。 MTNG くんに異常拡散に関するコメントメール。 YG くんとは TDH は IVR を記述するにはよくないんじゃないか、という話を。OKSM さんにも TDH の件を聞いておく。 別の共同研究者たちからは依然返事なし。怒ってる…

そうか、やはりランジェバン解析を仮定すると、相関が build up すること自体がありえないのだな。ということはここら辺を見ることでランジェバンからのずれを見るか。 共同研究者たちからはレスが来ず(^^ゞ。

やはりフロイドやマットから改訂論文に関していろいろコメント。更に収束させる方向に向かうも、かなり直さんといかん。 ジョンからはケルマンのコメントがメールされてくる。うーむ。

久々に TKM さんと解析電場に関してやり取り。 共同論文ドラフトも更に改訂して送る。さてどうなるか。

共同研究論文はやはり問題再浮上。やはり実験と理論の折り合いをつけるのは難しい。というわけで、マットに更に改稿論文をメール。

マットから改訂論文が送られてくる。更に改訂してジョンとヨンに送る。 sindo ネタを何とかしないと。。

考えれば考えるほどタンパク内の熱伝導を考えるのは無理なような気がしてきた。。 YG くんやフッチーにヘルプメール。

NMA 論文は JCP に投稿する。ついでにプレプリサーバにも投稿。

最後の論文直し。これで投稿か。

ミオグロビンからデータを抜き出すためのスクリプト書き。

ミオグロビンのデータの取り方を再び考える。しかし、やはり線形応答にしろ何にしろ理論的な考察がもっといるわな。。 戸田さんに wavelet 解析の論文送ってメール。まだ改訂にしばらくかかるとのこと。

論文訂正を送る。 ヨンと論文のことや局所温度のことで話し合う。 フッチーにデータを送ってもらう。

局所温度の定義で混乱。shake のせいかと思ったら、そうでもないらしい。いや、やっぱそうか(^^ゞ。shake で凍結した自由度に熱エネルギーを分配してはいかんと。

ミオグロビン計算も再び流しだす。 論文草稿訂正。これで大まかには終わったか。

やっと論文草稿完成。ジョンとヨンに送る。 sindo はいろいろと謎が謎を呼ぶ。うーむ。TDH のことがよく分かってないのだな。 データ移行用にフッチーのアカウントを作るのは来週に。

論文書き。なかなか苦しいが、ちょい前進か。 sindo の方も YG くんといろいろやり取り。とりあえず係数がおかしいかなあ。

NMA の sindo 計算はとりあえず低振動モードをカットしてやってみる。うーむ、まだ変だなあ。 論文書き。とりあえず振動緩和のところは終わらす予定が終わらん。

YG くんからは sindo のパッチが送られてくる。NMA を試すも、緩和が遅いなあ。と思ったら逆に速すぎること発覚。 論文書き。本題に入って書きにくい。追加計算待ち。

論文書き。ザボ氏や YOME さんに言われているので、ベクトル表示する。 なんとヨンが sindo のコンパイル成功。素晴らしい！ MYST くんによる教育のお陰か。これでとりあえずアミノ酸の量子ダイナミクスを流せるぞ。

論文用にデータ取り直す。やはり低振動部分をどう除くかが簡単ではないなあ。。そうこうしているうちに別のやり方を思いつく(^_^;)。

フッチーのデータ待ち。 方法論の論文書き再開。JCP 用にテイストを変えんとなあ。

非線形結合項を sindo に入れるために並び替える。結構面倒。

ドラフト関連はとりあえずこちら側は終了。一時は投げ出そうかと思いましたが。。

基底の取り方を変えるとまた結果が結構変わるのでめげそうになるが、なんとか収束させることに。やはり量子化学計算は恐いなあ。

ヨンはもう NMA の非線形結合の計算は終わったと。今度はメチオニンをやってもらうか。来週から sindo 計算に移らんとな。

振動緩和の問題はとりあえず低振動モードをカットして計算することに。 ヨンは再び QM/MM 計算を始める。

どうもキュムラント展開で閉じた式が出てこない。。数値計算にもっていくしかないか。。

なんとか話を収束させるか。。みなさまのお陰ですが。 MYST くんには動画の修正版を作ってもらうことに。ヨンからはまとめファイルが来る。いろいろと面白い問いかけがある。

MYST くんのヘム関連動画計画は順調に進む。 相関関数の計算は悩む。あれこれ試行錯誤。 ヨンもまだまとめに苦しんでいる段階。