CHARMM フォーラムに質問を投げるも、「難しい」としか返ってこないので、Hayward のアルゴリズムでとりあえず速度から rigid-body motion を抜くことに。Hayward さんにもメール。返事もらう。

フッチーは後ちょっとでトラジェクトリ生成できるよう。助かります。 ドイツの森次さんからメールを頂く。速度相関に関しては補正しないとのこと。 YOME さん、位置の相関関数（時間遅れつき）を計算できるようになる。

TKM さんに最終版をメール。 回転の効果についてうねうね考える。うむ、やはり北尾さんの論文に書いてある！

サブグループミーティング用にまとめる。いろいろ図を貼り付けていたら、２５メガの pdf ファイルになってしまった(^^ゞ。誰か pdf ファイルで図だけの解像度落とすやり方知らないですかねえ。 その後、いろいろ試すもうまくいかん。やはり図をもっと軽く作…

JCP 論文はアクセプトされる。しかし、ちょっと微妙な問題が残ってしまった。。 ミオグロビンの結果は refine していくことで、どんどん KKC さんや Karplus の結果に近づく(^^ゞ。なんとか相関関数までは行く。これからどうするかだな。。

回転の寄与を抜いて、YOME さん再計算。しかし、何を見るか。。 TKM さんの原稿を更に微調整。これでほぼ完成か。

KKC さんやフッチーからメール。返事を出す。 YNO くんにもタンパク回転問題に関してメールの返事書き。

量子カオスと generalized entanglement の論文を読むが、どうして量子カオス系の人間がこんなに絡み合いに拘らなきゃいかんのかがまず分からん(^^ゞ。もっと他にやることあると思うけどねえ。論文としての質はよくないので、落とすか。。 KKC さんにミオグ…

回転をどう抜くかということに関してボグダンと話す。 JCP 論文はジョンの直しが入ったところで再投稿。

やはり回転を引かなきゃダメというフッチーのメール。

今まで手付かずだった polyad を使った量子計算をやっとし始める。 タンパクの揺らぎと基準振動の関係も考え始める。とやっていると Gaussian Network モデルに行ってしまいそうだな。。

フッチーや MTNG くんらに相関関数のノートを送る。まだまだですが。

やはり Gaussian は何を出力しているのか分からんので、識者に聞かんと。 JCP 論文の改訂＋レフリーへの手紙書き。ジョンとヨンに送る。 YOME さんは相関関数計算のまとめ用絵作り。

どうやら係数が間違っていた。みっともない。

ヨンにヘムの QM 計算から非線形結合計算したらどうなるか聞いてみるも、今の計算機能力だと５年くらいかかるらしい。。無理(^^ゞ。というわけで、いい力場を探さんと。 フッチーはいろいろと MARBLE を強化中。 マットから最終稿らしきものが送られてくる。…

マットから教えてもらった Quack の論文が非常に示唆的、というかもう昔にやられているじゃんという感じ。

やはりタンパクの剛体運動を何とかして止めないといかんのか。とりあえず重心を引くとよくなるが、回転をどうしようかねえ。。 TKM さんからメール。こっちの浅はかさが分かって(^^ゞ、さらに考える。

TKM さんの付録は何とか見えてきたか。いや、そうでもないか(^^ゞ。 JCP 論文の再計算。するはずが、ミオグロビンの解析でいろいろ問題発生。

フッチーはミオグロビン問題を解決したらしい。 TKM さんの付録に悩む。TKM さんに振る。 マットにもメール。Quack の論文もファックスされてくる。

Kuczera さんからヘムのパラメータが届く。で、ヨンとフッチーに廻す(^^ゞ。 ３本の論文直しは続く。うーむ。

共同論文直し。しかし、進まず。 JCP 論文の方はレフリーコメントが来る。マイナー改訂でよさそう。 SIS 論文も校正してみる。

水関係の論文読み。ST さんにも最近の論文を送ってもらう。 MZTN さんや KTGW 先生からもミオグロビン関連で情報を頂く。

マットから返事。これで後もうちょいか。

夜遅くまで明日の準備。

ジョンとマットの件を話し合う。ううむ。 相関関数はだいぶデータが出るようになってきたが、収束性の問題で引っかかる。 TF 論文の直し。だいぶこなれた感じになってきたところで送る。

TKM さんから答えメール。改訂開始。 マットの論文もまあ一応改訂しておくか。。やる気がおこらんが。。

TKM さんに質問メール。 マットから連絡来るも、こっちが言ったことを全然直していない。さてどうしたものか。。

Kuczera の 1996 年までのミオグロビン計算に関するレビューを読む。今更ながら、ためになるなあ(^^ゞ。 sindo を使って、人工 H2CO を調べる。やはり共鳴が強いと VSCF は収束しなくなるか。

spectroscopic Hamiltonian について考える。YG くんとやっている quartic force field と Van Vleck 摂動論で結びつくようなんだが、実際やるのはめんどそう。まあ、Kellman さんに任すか。。 その YG くんからもいろいろアイデアメール。素晴らしい。

IVR 問題をつらつら考える。