昼はうどん。 Medical Science のレビューをしろとのメールが。そんなのできません(^^ゞ。 KWSM さんから QM/MM に関してメール。 ３時から MIT で Scheraga の講演。"The two aspects of the protein folding problem." まあ、タンパクの構造予測とフォール…

マットから実験のまとめが送られてくる。解読するのが大変。 その後、マットと電話。今後の更なる方針を決める。

ジョンの部屋で偉そうな人たちが集まって会議をしている。 昼はうどん。その後、YOME さんはまたオペラ座の怪人を見に(^^ゞ。 ボクダンが１ヶ月ぶりに奥さん子供のいるフランスから帰ってくる。日本の天皇制で女子も天皇になれるようにしているのだろうと細…

やはり昨日送ったノートにいろいろと穴があるので、それの修正。 「タンパクと水」プロジェクトも再開。小山くんの参考文献をとりあえずダウンロード。

昼はうどん。 明日から理論化学討論会ですか。行ったことないですが。 ヨンによると、なかなか QM/MM を手ごろにできるソフトがないらしい。というわけで、日本の量子化学の方、いい情報がありましたらよろしくお願いします。 ３時ごろ MYST くんとスタバ。…

明日の議論用のネタ作りとまとめ。なんとか午前２時に pdf ファイルを送る。 小山くんから有益な情報が。明日から調べないと。

昼はパスタ。夜は牛叩きとイタリア風ナス煮込み。

Mikami-Okazaki の式変形。ややこしい。しかし、だんだん式の気持ちが分かってくる。

不貞寝。洗濯。昼は家の近くのピザ屋に初めて入る。 その後、BU。MYST くんと Natick の寿司屋 Minado に向かう。味は今までの中では一番いいが、日本の回転寿司より劣る程度か(^^ゞ。 靴屋で靴を買う。New Balance 642 Wide が出ていて、日本人の足に入りや…

なんとか水中のメチオニン計算は動き出す。やはりスクリプトをきちんと書くと楽。 FCGM くんから催促も来たので、物性研究用に原稿を書かなければ。。来週には小山くんの修論も来るみたいだから、それを参考にしないと。

昼は MYST くんと Bertuzzi。スタバ。 ジョンやヨンはレポートの採点か何かやっている。 ヨンによると EGO/CPMD はまだ開発段階で、ドイツに行って修行しないと使えるようにならないらしい(^^ゞ。まあ、ヨンがこの夏にでも行けばいいのではと提案する(^^ゞ。…

SPASIBA の最新版をフランスの開発者からまた送ってもらう。 どう考えてもこっちには喋るネタがないので、マットに来週の月曜に電話することに。それまでお互い要点を整理。

昼は MYST くんとインドカレー。マンゴーシェイク付き。TAKESHI の思い出（運転練習）のことなど喋る。 YOME さんはローナにトラップされて昼は定時に帰ってこれなかったよう。 スクリプト書き。どう考えても不自然なことをやっているような気がするが、まあ…

H. Fujisaki and J.E. Straub, "Vibrational energy relaxation in proteins," PNAS 102 (2005) 6726-6731.

むむ。やはり密度行列の時間発展を直接計算することで、いろいろと見えてきたような。論文も出てしまったが(^^ゞ、それを覆すようなことになってしまうかもしれん(^^ゞ。

昼は MYST くんとタイ料理。今日はパダタイがすんなり出てくる。 その後、経営学科のスタバ。今後のことを話す。やはりクラスターがないと始まらんと。 この部屋 505 に学生たちが集まってきて、ジョンが（量子化学の）授業をしだす。 ３時からは MIT セミナ…

なんとか密度行列の計算のところまでもっていく。これからバグ取り。 マットのフェルミ共鳴のほうは全然フォローしていない。。明日どうするか。

昼はうどん。今日もセミナはなし。 芋ケンピの食べすぎで口の中がべとべとに。 ジョンの子供がジョンの部屋の鍵貸してとやってくる。 YOME さんは Xian に日本文学のことを勉強しろと言われているらしい。で、ドナルド・キーンの本を貸してもらったと。 夜は…

水中メチオニンの解析は続く。Mikami-Okazaki (2003) の結果も援用できるなと。 マットからフェルミ共鳴絡みで立て続けにメール。しかし、小さい分子のフェルミ共鳴を今更調べてもあまり意味ないとは思うが。。

昼は Preston Moore 氏とインドカレー。 キムさんにはヘシアンをどう解析的に計算するのか聞かれる。粗視化モデルで基準振動解析しなければならないとのこと。CHARMM みたいな all atom 用のソフトなら既に入っているのだが。 コードを自動化しようとあがく…

昼は日本から送られてきた秋田の地鶏ラーメン。 たそがれ清兵衛、うらなり与右衛門などを読む。DNA 下巻も読み出す。 その後、スーパー８８などに買出し。軽いダンベルなども買う。 洗濯。今日までドライはタダ。 夜はカレー。。 自殺サークルを見る。（参考…

やっと水中のメチオニンで基準振動解析。もっと楽にできないものやら。 Ewald 法もいろいろと詰まる。CHARMM フォーラムに出すか。。

チャップリンのモダンタイムスを見る。アメリカ人の理想の生活というのは７０年前からあまり変わっていないのだな。 ああ。もう Fenway の 18 日の夜の SW 前売り券売り切れた！ にしても KKB くんの日記は面白い。本にして出版してほしいくらい。 夜はカレ…

メチオニン単体をどうモデル化すべきかということでマットに相談。

家の前の道路は工事中。 昼はそば。YOME さんはファントムのことばかり気になる様子。 おお。今日からはてなダイアリー市民になった！ ヨンに Ford-Waters 論文（非線形共鳴のことを論じているやつ）や斉藤信彦先生のことなどを話す。それにつけても QM/MM …

いくつかアミノ酸をとりあえず水につけてみる、はずがいろいろ詰まる。KKB くんに聞こうっと。

子供の日だということがグーグルで分かる一日。 ジョンやマットにメール。NAMD のことを調べだす。 昼はパスタ。たけくまメモの平田弘史氏の記事で大笑い。 ５時ごろマットから電話。いまいちかみ合わんか。 KKB くんのヒューストン日記がついにアップされる…

５時からマットと電話。この２週間でやることを決める。というか決めてもらう(^^ゞ。

昼はバーガーキング。 ２時から Ander Sandvik 氏のセミナ。Stochastic series expansion -- an efficient alternative to path integrals in lattice quantum Monte Carlo simulations. 量子スピン系をどう数値計算するかという話で肝心な SSE のところで寝…

マルコフ近似について書いてある Skinner の論文を漁る。だんだん分かってきたような。。明日はマットと電話で相談。