A.D.MacKerell, Jr. "Empirical force fields for biological macromolecules: Overview and issues," J. Comp. Chem. 25 (2004) 1584-1604.

ヨンから NMA の計算のまとめが来る。 ラッセルからも Alex MacKerell の最近の論文が紹介される。 マットとの会議はどうなるのやら。ジョンから返事なし。

平面上での回転の方程式で悩む。Goldstein を見て解決。 昼はインドカレー。親をどうやってボストンに呼び寄せるかという話。 カンポで冷コー。その後、図書館へ。レニンガーはなし。Physics Today をぱらぱらめくる。Peres が死んで、Rosen の墓の横に埋葬…

ヨンからいろいろデータをもらう。 論文は方法論と応用を分けるかということになる。 マットからもいろいろメール。また電話しないと。

MYST くんは腹痛で大変みたいですな。 今後セミナははたして金曜なのかどうなのか。 昼はスタバでサンドイッチとコーヒー。レニンガーの教科書の第４版はかなりいいですねえ。SGT さんのやってるカルシウムポンプの結晶構造の話、タンパク折りたたみのファネ…

結構暑い。 SGT さん、また来る。 昼はジョンやキムさん、研究室連中とインド料理。今回の選挙のこと、靖国問題などを喋る。なぜか Tsallis や Fano の話にもなる。 ２時から SGT さんのセミナ。"Molecular Dynamics Studies on the Biological Functions of…

ヨンのデータをあれこれいじる。 あら、いつの間にか生物物理学会発表に名前が加えられている。。

自民圧勝ですか。つまらん。 ヘルレイザー２を見る。 昼はひさびさに熱いうどん。 YOME さんによる整髪。 カンポでエスプレッソ・マキアート。これを冬の定番にするか。 アルツハイマー病とアルミの関係を調べる。 夜は親子丼。

NMA は結晶にするとメチル基の回転バリアが高くなるよう。まあ当たり前か。

洗濯。昼はソーメン。リリーフランキーを読み進める。 まずは BU 本屋に行って買い物。その後、化学科。 ４時頃からファイアーアラームが鳴り出して止まらず。ボグダンやパーミンダーたちと外で雑談して帰ってくるも、休日なので誰も止める人がおらず、うる…

ファクター２の謎も容易に解ける。ジョンとヨンにメール。さて、あとは実験との兼ね合いを考えんと。

デビッドからセミナの件でメール。でももうこっちで適当にやっているから関係なし。リナはコーヒーとかの準備をしてくれるそうで助かる。 なんか学生が隣の机で問題を解いている。 昼はサンドイッチ。 ３時半から化学科のBBQ。しかし、シェンとしか喋らず。…

何方か ab initio で計算できる限界の小ささのバリアの高さ(lower bound)をご存知の方がいましたら、是非教えてください。

なかなかヨンはよくやっとるなあ。こっちもやらんと。。というわけで、ファクター１の謎を解く。あとはファクター２だ。

BU 近くの自転車屋に行って YOME さんの自転車のサドルを直す。 昼はスタバでサンドイッチ。その後、YOME さんは BU 授業へ。 NMA やメチオニンの ab initio 計算に関してヨンと小一時間話す。 その後、ボグダン MYST くんを交えて、Staples で小一時間買い…

NAMD 練習。NMA のメチル基問題はまだ解決せず。

YOME さんは BU の授業に出る。 １１時からアランのセミナ。粗視化モデルで kinetics もやってみましたという話。セミナを差し置いてラッセルが授業に行ったので、ジョン怒る(^^ゞ。 パーミンダーから物理化学セミナ(P-Chem seminar)の準備の仕方を教わる。…

やっと CHARMM で adiabatic surface を描くコマンドの使い方が分かる。 NAMD の練習は続く。

新学期でめっきり人が多くなったBU。 MYST くんとアミロイド計画のことを話す。SGT さんとは昨日立ち見で野球を見に行ったとのこと。 昼はサンドイッチ。 ラッセルからやっと BU でも Gaussian03 を買うというニュース。 スタバで久々にホットコーヒー。 MYS…

混乱してきたので、とうとう皆にメール。うーむ、むしろ正しいのかな(^^ゞ。

Labor day で休み。 昼はソーメン。YOME さん、シャペロニンのことを調べる。 今頃は MYST くんは SGT さんとフェンウェイ球場に行っているのかもしれない。 NAMD 練習開始。しかし、なかなか NAMD を使うところまで行かん。。まずは VMD 1.8.3 をインストー…

阿呆なことに時間を費やしていたこと発覚。

朝いろいろ苦しむ。YMKW くんは無事日本に着いたよう。 昼はパスタ。小食になりました。その後、洗濯。 そして BU へ。引越の若者が多い。 夜はアボガ丼。 クリント・イーストウッド監督の Bird を見るも、分からんなあ。英語が。

メチオニンのメチル基の２面角パラメータはゼロではないか。。

５時半に起きて、YMKW くんを送り出す。 その後、２時まで寝る(^-^;)。 昼はゴマダレそーめん。その後、買い物。そして、BU。 カンポで冷コー。ボグダンから Wiki って何と聞かれる。 夜はキノコリゾットとナス煮込み。 ほしのこえを見る。うーむ。もっと大…

知らぬ間に dimethyl sulfide をやる方に話が流れていく。。ま、いいけどね。

寝倒す。洗濯。 昼は冷やしうどん。家でだらだら。 ４時ごろ YMKW くんを迎えに行くはずが家の近くに来ていた。 その後、フェンウェイ球場に行きたいということで、歩いていってみる。で、ゲートC付近で並ぶこと１時間、２０ドルの立ち見の席をゲット。３イ…

P.G.Bolhuis, C.Dellago, and D.Chandler, "Reaction coordinates of biomolecular isomerization," PNAS 97 (2000) 5877-5882.

CHARMM の２面角の位相のシフトのさせ方が分からん。。 Transition path sampling はやはり有効か。しかし、分かりにくい論文だなあ。

湿気も風もおさまった。しかし、さすがに９月ということで学生が増えた。 Cui から基準振動本の校正が届いてないというメール。しかし、問い合わせたら昨日届いてたと。 昼は久々に辛ラーメン。 スタバで冷コー。ついでにバインダーも買う。 ラッセルから新…