Multiscale 本スタバで読み進める。 昼はコンビニコーンパスタ。 明日の講義の準備。どこまで喋るべきか。。 tier の整理も再開。FJ さんの dPCA のことも昔のドイツ時代のファイルを漁る。 田村さんがやってきて、QM/MM の opt の話など。なかなかうまくい…

研究会2日目。 ぎりぎり10時に到着。水谷さんの仕事は思った以上に先まで行っている。長岡さんは舞台から落ちる。しかし、すぐに復帰。乙須さんの2次元蛍光寿命相関分光はクリアな話。 昼は生協でカツカレー。米沢さんと今後について喋る。 午後は鎌形さんの…

新幹線で新大阪へ。今回はタンドリーチキンサンドを買う。 ぎりぎり１時に大学会館へ到着。 タンパク質科学の未来を語る。１日目。 名工大の神取さんから始まって、神戸大の田中さんまで。林さんや石北さんはもう精密科学の域まで行っているなあ。倭さんや久…

ちょっとチェックしないと、gromacs の ML が百件以上溜まる。。 相模原警察に落とした Suica 定期を取りに行く。「気をつけてお帰りください」と言われる。。 昼はコンビニパスタ。 2時半から医学入門。なかなか掘り下げにくいか。しかし、みな真面目。 例…

U. von Toussaint, Bayesian inference in physics, Rev. Mod. Phys. 83, 943-999 (2011).

寒さで目覚める。。 それから河野研の金枝さん、米谷さん、石田さんらとお話し。みなさん反応経路に沿った自由エネルギー計算やってる。やはりこういう状況でどういうパスサンプリングができるのかというのが今後の課題。 昼は原研の食堂。飯は自分でよそり…

京都の原研（関西光科学研究所）に向かう。その前に定期をなくしたことに気付く。。 昼は車内で秋味駅弁。隣の老夫婦は京都観光っぽい。 しかし、原研に着くも非常訓練をやっていて入れず。。サンマルクまで引き返す。 2時半ごろ河野研に到着。3時からパスサ…

実験7回目。 昼はコンビニ貝パスタ。 KND くんは内部自由度のあるフェルミ加速みたいな問題をやっている。 イルカやクジラを食べてはいけない根拠は何か、アカデミー会員が知り合いだと嬉しいという話など。 夜はとんかつ弁当。を買いに行ったら雨に降られる…

ガウシアンから返事来る。 昼はクラムチャウダー風パスタ。 医学入門一回目。なかなか皆ちゃんと抽出している。 例の作業。まだまだ。 夜は炊き込みご飯＋サンマ＋豆腐のキノコあんかけ。

めっきり寒くなった。しかし、まだジャケットなし。 HPC の人が UPS の設定にやってくる。しかし、ファンの調子がおかしいと。。 昼はコンビニ野菜ラーメン。 アプライドで PC を注文してみる。ubuntu を再インストール。ああ、無駄なことやってる。。 来週…

神戸二日目。 10時ごろから、1時ごろまで MTNG くんの講義＋議論。 生協みたいなところに行き、山菜そば。 その後もちょっと議論してから、ポートアイランドを散歩。IKEA 付近の駅から帰る。 夜は白菜豚肉煮込み。

神戸一日目。 9時前に出て、1時ごろに京コンピュータ前に着く。 それからみっちりと MTNG くんから講義。5時半ごろ終わる。 それから三宮のインドカレー屋。元永瀬研、元武次研の方にもお目にかかる。 夜はスーパーホテル。

実験６回目。 SG さんに言われて、セントロイドに固定したときの分配関数の計算。これから自由エネルギーの計算ができん。。 昼はベッカーズの醤油味ハンバーグ。MYSK くんがそんなにウルトラファンだとは。。あとデスパ妻ファンだとは。。 実験が始まる直前…

SG さんとイタリア料理屋でランチ。 その後、量子ストリング法その他もろもろで議論。いろいろ宿題発生。。 ミオシンのほうもファイルを見る。Mg との結合のところがよく分からん。 MPI 化は手こずる。基本を分かっていない。。 夜は豆腐ともやしとにらの炒…

E の multiscale の本が届く。たしかにいい装丁。 昼は辛子つけ麺。 授業評価のことなど。例のことをやる。 OM-MPI 進めるつもりが、なかなか進まん。。 夜はおでん残りなど。

今日は実験は休講。 町田でマルチスケール本読み。 昼はコンビニ堅焼きそば。Miura-Minamikawa-Pati-Woo theorem というのがあるんですか。 OM 法の MPI 化。とりあえずの目途は立つ。 ４時半から XOR の科研費打ち合わせ。KKC さんと OKMT さんの話。 その…

ドイツ製ガイガーカウンターGAMMA-SCOUT アラーム付きメディア: クリック: 11回この商品を含むブログ (1件) を見る世田谷のパワーラークス世田谷店に行って線量を測る。周辺は 0.1 μSv/h 程度。フジテレビの人に職業などを聞かれる。途中で田崎さんの「ベク…

HPC の人が来て作業。 大阪大の人々からお声がかかったので行くことに。１１月は出張が多い。。 昼はコンビニ完熟トマトパスタ（ローソン）。これはかなりいい！こってりだが。。 36 コアで流れるようになる！さっそく、積分計算を流す。 夜は鴨南蛮。 うー…

Principles of Multiscale Modeling作者: Weinan E出版社/メーカー: Cambridge University Press発売日: 2011/07/07メディア: ハードカバー購入: 1人 クリック: 7回この商品を含むブログ (1件) を見る寒い。上着がいるぞ。 スタバで E の Principles of Mult…

階層モデル続き。 昼はコンビニおにぎり。その後、和光へ。 MRTG さんと近況報告。シニョリンのことなど。 階層モデルでもたもたしていたら、Rubtsov が例の変な理論を使った論文を出していた。。これならまだ大丈夫か。 MPI 化しないと。。 夜は魚の目玉周…

Closer to Homeアーティスト: Courtney Pine出版社/メーカー: Ume Imports発売日: 1992/05/19メディア: CD クリック: 1回この商品を含むブログ (3件) を見る実験実習４回目。 FJHYS さんは GM 検知器の原理を調べる。 循環器系をやるには物理をやる必要があ…

日医は学園祭後で授業なし。あと、理研の創立記念日。 昼はほたて天丼。 イリノイの YG くんから振動計算のレビューが来る。 HPC の搬入・設定は木金にやってもらうことに。 HIV に関係する酵素の MD を流す。もう１０万原子越えか。。 夜は秋刀魚など。

日医は休み。寝過ごす。。 １１時ごろ、横浜市立大に到着。KDR さんと進捗と今後の展望について議論。 昼は理研食堂。量が少なめ。しかし、これが適正か。KDR さんは効かないと分かっても健康緑茶ヘルシアをやめられないと。 ３時からセミナ。疲れて、途中寝…

昼はコンビニクラムチャウダーづけスープパスタ。 ubuntu11.10 がおかしくなってしまい（メニューが見えなくなってしまう）、再インストールも面倒なので、別のカーネルとして入れなおす。しかし、recovery mode でないとうまくいかん。。 なんとか MPI で行…

関数電卓を借りにくる日。実習室にあるのがよくないか。 昼はコンビニパスタ（ミートソース）。 OpenMP で量子ダイナミクスは10倍ほど速くなる。parareal なんていらないかも。 しかし、行列要素の計算が逆に OpenMP でも2倍くらいにしか速くならん。これな…

Naoki Fujii, Misao Mizuno, and Yasuhisa Mizutani, Direct Observation of Vibrational Energy Flow in Cytochrome c, J. Phys. Chem. B, Article ASAP DOI: 10.1021/jp207500b.

うーん、やはり OpenMP であっさりうまくは行ってくれん。。 FJBYS さんからヘッドホンドロイドががんばっているということを聞く。 昼はコンビニ野菜ラーメンとおにぎり。MYSK くんはゾンビ映画の基本を押さえたいと。 水谷さんから FB 経由で論文を送って…

昨日に引き続き結構暑い。 KGW 先生から金曜の様子を聞く。奈良出張の書類を提出。 昼はコンビニプルコギ風飯。日本の将来の人口分布が気になって調べる。 OpenMP のことを調べる。MPI とどうやって切り分けて使うのかな。 TD さんから来年、非常勤やれとの…

１０時ごろから FJ ちゃんのシニョリンの時系列解析の話を聞く。 昼は手打ちそば。雨が降ってきたので、店から傘を借りる。 午後、私が量子ダイナミクスとパスサンプリングの話。みなポカーンとしている。。 脳内量子ダイナミクスの話などをしてから、退散。…