昼は焼きそば。 ゲラルドは無事池袋に到着したらしい。東京は広くておっかねえと。 夜は牛蒡レンコン炒め。

夜中は雷で目が覚める。起きてみると岡崎がすごいことに。。 うーむ、やはり XOR は水を入れんとしゃーないが、まず真空中でやるか。。 昼はざるそば。森くんは昨日名古屋にいて大変だったと。靴脱いでホテルまで歩いたと。 粗視化モデルの肝のところが分か…

９時半から青山さんの MPI 講習会に出る。５０人ほど来ている。 お話はさすがに練られていて分かりやすい。まあテキストもそれくらいに分かりやすいが。。 昼はロールパン。午後はちょっとサボる。。 ゲラルドに IBAN のことで聞く。ISKW さんに成果発表登録…

久々に晴れた。 FKD さんからフランス写真が送られてくる。 昼は豚のピカタ焼き。MYST くんらとアメリカ事情など。 MRTG さんから情報をもらい、REACH を string 法に組み込む。 香港でもアジア生物物理の学会があるらしい。 ゲラルドから JCP 論文は受理さ…

アリコからメールで１１月に日本来ると。彼女は首都大学東京で visiting scholar やってると。 お、生さんが放送大学に出てる。量子力学の講義で。 Amber 練習。 昼は和風チキン。タンパクでの Langevin の話など。温度を一定にしてカノニカル分布を発生させ…

E.M. Loskutov, Ya. I. Molkov, D.N. Mukhin, and A.M. Feigen, Markov chain Monte Carlo method in Bayesian reconstruction of dynamical systems from noisy chaotic time series, Phys. Rev. E 77 (2008) 066214.

涼しい。もう短パンは履けんか。 昔のコードから再スタート。 昼は中華風豚イカ炒め。昨日見たスズメバチの生態の話など。 ２時から MTNG くんのセミナ。particle filter の話。Onsager-Machlup とのつながりが気になる。 ライナーによると、ドイツのアカウ…

Duffy - Mercy

かなり涼しい。 研究室に来てみると、一人分のデスクスペースを作っている。 昼は SGT 研の臼井さん、森くんを交えて。いかに皆化学実験が下手かについて。 Langevin ダイナミクス計算は続く。どんどんファイルを遡ることに。。 ６時にベルギービールをタダ…

Robbert Bloem, Arend G. Dijkstra, Thomas la Cour Jansen, and Jasper Knoester, Simulation of vibrational energy transfer in two-dimensional infrared spectroscopy of amide I and amide II modes in solution, J. Chem. Phys. 129, 055101 (2008). …

エネルギー移動原稿を読む。 昼は鯖の味噌煮。本を４冊購入。さらに２冊注文。 東大の学生さんがやってくる。ポスドク先を探していると。後で行き先に関してメール。紹介したところは、Rossky, Hynes, Voth, Hammes-Schiffer, Parrinello, Marx, Wang など。…

double well network モデルで、まず通常の Langevin ダイナミクスの計算。 昼は中華風エビシュウマイ。 3時ごろ地震。コーヒータイムは設備費で何を買うか。 生物物理学会ももうそろそろ申し込まんと。。 Windows Live Sky Drive や DropBox を試してみる。…

くしゃみパンダ

ひさびさにピョンからメールが来る。 昼はホイコーロー。SGT さんは Grubmuller にメールしたと。MYST くんの娘さんはポニョが気持ち悪くなって、最後まで見ないで出てきたらしい。 string コードを書き換え。 夜は刺身など。

涼しい。 ゲラルドにさらにメール。FRT さん現る。 昼は牛肉辛いため。MTNG くんの HSN 邸での話など。 むむ、SG さんとの違いは electrostatic を Ewald でちゃんと計算してないからか。。 ゲラルド、JCP に再投稿。別の論文の直しも始める。 コーヒータイ…

午後、日医に行く。 KKC さんのマシンに Ubuntu を入れようとするも 64 bit 版の CD-ROM もってきて失敗。。 その後、免疫系の話をいろいろと。 文福で呑み。隣のカップルともちと喋る。

昼はざるそば。IMI さんと、MTNG くんのことに思いを馳せる。。 セミナの件でゲラルドとメールのやり取り。 コーヒータイムも MTNG くんネタ。 論文直しは続く。MRTG さんと何かダイナミクスでできないかねえ話。 久々に理研の MRYM さんに会う。IIDK さんに…

昨日の女子バレーのせいで遅く起きる。。 昼はハンバーグ。 生物物理学会は早く入らないといかんか。KMTZK さんから、Adv.Chem.Phys.投稿メール。 ドイツ論文の図直し。ゲラルドの講演日程を fix する。 7時ごろから HSN さんを交えて、IMI さん、MTNG くん…

KDR さん来る。本の話など。 昼はざるそば。KDR さん、コーネル大の教授たちの話など。M.E.Fisher の講義は非常に高レベルでありながらわかりやすいと。K.Wilson の講義は全然わからんと。 MRTG さん、CHARMM の並列化をやっている。がんばれ。 コーヒータイ…

アメリカ生物物理学会年会（ボストン）。

T. Okushima, T. Niiyama, K.S. Ikeda, and Y. Shimizu, Connectivity graph: Multiple connectivity on potential energy surface does affect the dynamics, Phys. Rev. E 76 (2007) 036109.

Chao さんから台湾でやる国際会議の情報来る。 昼は SGT 研の人々と。TNMR さんと平田先生の PD 叩き直し作戦などについて。 いろいろ分からないところがあるので、SG さんにメール。 コーヒータイムは外人たちにどう東京を案内するかについて。MTNG くんに…

E. Pitard and E.I. Shakhnovich, Mode-coupling theory for heteropolymers, Phys. Rev. E 63 (2001) 041501.

MTNG くんに Ubuntu のプリンタ設定をしてもらう。これでマシンの設定はほぼ完了か。 昼はざるそば。オリンピックの話や神戸震災の話など。FRT さんはまさにその時に神戸大生でいろいろ大変だったと。 MYZK さんにタンパクのモード結合理論について聞く。Sha…

S.D. Chao, J.D. Kress, and A. Redondo, Coarse-grained rigid blob model for soft matter simulations, J. Chem. Phys. 122 (2005) 234912.

Chao 研.

Chao さんやってくる。 さっそく台湾でやっている Keldysh の話（複素空間の経路積分を使う、かなりマニアックな話）や、ハミルトニアンをスプリットして量子ダイナミクスを解く話（まあ、実質的に split operator と同じか）などを聞く。 昼は魚。おごる。 …

ばて気味。昨日のキムチが悪かったか。。 昼は豚キムチ炒め。 ISKW さんに頭痛薬をもらう。いや、これ痛み止めか。 コーヒータイムは Y さんの幽霊を見た話、幽霊とUFOではどっちが見る確率が高いのかという話、数学者グロタンディーグの話など。 Tully's で…

９時半からタイムキーパー係。しかし、チャイム鳴らず。。 昼は野口さんと。Battleship Galactica DVD を借りる。。 石北さんの発表は研究のボリュームがすごい。野口さんの血管中の赤血球の話は相変わらず物理的なセンスが素晴らしい。高田さんの resolutio…

8月5日13:00〜13:10 木寺詔紀 開会の挨拶 8月5日13:10〜13:30 平野敏行 ProteinDFの超並列化戦略 8月5日13:30〜13:50 恒川直樹 新しい自由エネルギー計算に向けて−電子状態計算の取り込み− 8月5日13:50〜14:10 林 重彦 非経験的QM/MM法による酵素反応解析 8…