パトリオットの日で休みのはずだが、だいたい皆研究室に来ている。あと今日はこれからボストンマラソン。BU 近くのビーコンストリートもマラソン道でかなりの人出。 黄色のトナーがなぜか謎の消滅（らしい）。 昼はうどん。夜は山芋と海老豆腐。

非平衡 MD をどうやるかについてあれこれ。とりあえず火曜の電話会議用にまとめないと。

昼は MYST くんと Bertucci で。スタバで豆を買う。その後、暑い日差しの中、BU 化学科前で話し合う。ボクダンもティナも日曜なのに来ている。 夜は鰻丼など。Monk 第２話を見る。

また再び振動緩和計算のフェイズ。うーん、やはり有限量子系で無理やり不可逆性を出そうとするのが無理か。まずは古典非平衡 MD をやるべきか。

昼は MYST くんとインドカレー。ラムカレーは薄味のよう。今後のことを話し合う。その後、フェンウェイ球場を回って、ベッドバス＆ビヨンドで買い物など。 夜はおでん。Monk 第１話を見る。

T. Hayashi and S. Mukamel, "Multidimensional Infrared Signatures of Intramolecular Hydrogen Bonding in Malonaldehyde," J. Phys. Chem. A 107 (2003) 9113.

ランダムサーチの限界にすぐ突き当たる。どうすっか。

昼はキムさん、MYST くんとインドネシア料理。その後、経営学部のスタバ。キムさんには primary doctor のことや、いろんなキムチを売っている Reliable というスーパーのことなどいろいろ有益なことを教えてもらう。MYST くんはジョンと何度もすれ違ってい…

GA 部分以外はスプリクト書き終了か。まずはランダム検索でやってみっか。

いきなりサブグループミーティングというのをやることに。今日はアグリゲーション班だったが、振動緩和班は明日か。 昼はパスタ。キムさんからの提案で明日、MYST くんを交えて昼飯ということに。 ディックから地下を片付けとけとメール。何のことか知らない…

YG くんのコードを使えば、とりあえず quartic force field までは計算できることを納得。遺伝的アルゴリズムに行くまでのスクリプト書き。煮詰まる。

昼頃、トイレを直しに大家のディックがやってくる。洗濯から帰ってきた YOME さんは英語が非常によくなったと（お世辞だが）褒められる。来月はディナーに招かれるらしい。 昼は辛ラーメン。Sandor Vajda 氏による溶媒マッピングという方法を使った結合サイ…

CHARMM パラメータを最適化しなきゃならないのだが、やはり遺伝的アルゴリズムを使うか。 YG くんからのメールでやっと Bowman や Gerber らの nMR-PES の計算の利点が分かる。

９時半からティナの論文紹介、１０時からは MYST くんの豊島研時代の研究の話。カルシウムポンプという膜タンパクにおける（２個の）プロトン逆輸送について。自己紹介が秀逸でした。 昼は焼きうどん。YOME さん、BU で Xian さんと話し合う。YOME さんは相…

４時から Romesberg らと電話会議。まあ、大雑把な話で、会話に割り込めず。来週も電話会議するとのことで、ネタをこさえなくてはならなくなった(^^ゞ。 量子化学計算に関しては YG くんに質問モード。 CHARMM のパラメータファイルをいじる。

やや寒いか。気温は１０度ほど。昼は BU の理論志望という子とその他大勢とインドカレー。味が従来のに戻っててよかった。 ジョンは今日が誕生日らしい。 キムさんには確定申告関係を教える。キムさんは最近はフォールディングの計算をやっているらしい。 ス…

高見さんから近況メール。GAMESS/RISM/TINKER でタンパクの自由エネルギー計算という大変なことをやっているとのこと。ついでに TKM さん仕様の Adv.Chem.Phys. の pdf ファイルも送られてくる。しかし ACP は１万７千円もするのか。著者ということでタダで…

去年のファイルが見つからないので、確定申告関連を再び調べだす。今週末が〆切。あと育英会の延長願いと健康保険の切り替えをやらねば。 昼は MYST くんとコプリーのリーガルシーフード。その後、ボストンコモン辺りまで散策して解散。しかし、もう温度が２…

重水素化の問題は解決。いい加減、エワルドの計算もしないと。 マットから conference call についてメール。電話会議のことらしい。

８時から朝食つき学生リクルートの場。ボクダンも来ていた。Elliot 研の Tao Ye やリナと喋って、結局、外部学生とは誰とも話さず。化学科理論の新しい faculty はやはり Seymore Wang 氏だと分かる。方法論の開発だけでなく、ダイナミクス計算やモデル化に…

八木くんのファイルを使い、Gaussian で最適化、振動計算。と思ったら、どうやって重水素化したらいいのか分からん。しかし、いい加減 TD-VSCF 計算に行かんと。 量子ランダムウォークの論文のレビューが来たのだが、読んでみてもよく分からんかったので他の…

杉田さん（東大）からメール。宮下くんもブログっていることが分かる。 ジョンからは 1931 年のシュレーディンガーのインタビュー記事(The Observer, Jan.11, 1931)を渡される。科学は役に立つのが重要ではないという月並みな話。しかし、精神に関しては科学…

早川さんや首藤さんの論文を見ながら、1/f ゆらぎのお勉強。いまさらながら自己組織化臨界現象はもっともらしい 1/f の機構に見えてしまうのだが、どうなんでしょう。こちとら水とタンパクの 1/f ゆらぎの起源を探っているわけですが。そういうことを長年や…

ちょっと暇になったので、はてなに移行。とりあえず装丁はデフォルトで。 おとなり日記がラブラブドキュンパックリコさんになったりならなかったり。 昼はうどん。夜はカレー。フレンズ９を見たり。しかし、もう飽きてきたなあ。

ガウシアン練習は続く。 昼は Eitan Geva と Bertucci で。その後、２時から彼のセミナ。Linearized path-integral forward-backward action で相関関数を計算しましょうという話。 終了後、ジョンやボクダン、パーミンダーとタクり、MIT での M. Muthukumar…

寝坊。 セミナはボクダンが Stanley らのアグリゲーションの論文紹介、ヨンが NRVS の論文紹介。前者は無茶苦茶批判されてました。 昼はタイ料理。その後、スタバってから、MYST くんのアカウントを作りに IT に行く。 その後彼は SS# を作りにノースステー…

６時ごろ起きてしまう。 とうとう MYST くんが BU にやってくる。 そういうわけで昼はインドカレー。いろいろタンパク談義。 その後、BU 案内を兼ねて人事課に行き、MYST くんの BU ID を作る。相変わらず人事課の人は親切。 旅費請求書を書く。PNAS に図を…

タクシーで空港へ。空港のチケットを使って朝食。 １０時５０分の朝の便はキャンセルになるも、なんとか１時１０分の便でボストンに向かう。３時ごろ着く。 家の掃除、洗濯などをした後、日本からもってきたもので夕食。 MYST くんとメールのやりとり。疲れ…

靴の博物館に行きかけるも、結局安全牌で Royal Ontario Museum へ。 昼は韓国焼肉屋で焼肉。しかし、これも微妙な味。 ５時発の便に乗るはずがキャンセルになり、Belaire ホテルという安ホテルに泊まるはめに。ここはサービスが酷い。しかも、レストランが…

Casa Loma という今世紀に建った城を見に行く。地下がフードコートやお土産屋になってました。 CN タワーに登っておく。これのグラスフロアーというのが３００メートル下が見えるガラス張りで凄いです。 ３時ごろ大使館でパスポートを受け取る。無事ビザがつ…