昼は鶏肉。メタボを気にする面々。 図の著作権をとるために、 RightsLink のサイトを何度も訪れる。本のページ数をトータルと勘違いして５００ページとかにしてしまった。。 Climber 法をダウンロードして試してみる。なかなかいいねえ。しかし、側鎖に関し…

Albumアーティスト: GUIRO出版社/メーカー: eight発売日: 2007/09/23メディア: CD購入: 1人 クリック: 73回この商品を含むブログ (50件) を見る梅雨の晴れ間。しかし、腰が痛くて寝れんかった。。この眠れん痛さはドイツで卓球やって以来だなあ。 10時半から…

リガンドはとりあえず酵素にくっついているなあ。200ピコ秒では。 昼は海老フライなど。マイケル死去の話など。 コーヒータイムはマイケルの話や東京都現代美術館のことなど。 ACP 論文校正は9割がた終わる。後は図の permission をとること。 MTNG くんの SC…

辛酸なめ子の女一人マンション。ISKW さんに教えてもらったもの。

雨が激しく降る。しかし、その後、洗濯。 昼はアジの揚げ物。 OM 法は基本に還って、拡散なしの場合を。。 コーヒータイムはネイティブでも結構いい加減に英語書いているんではなかろうかという話など。 ヨンからメールが来たので、論文校正。Wiegel プロジ…

D. Li, M.S. Liu, B. Ji, K. Hwang, and Y. Huang, Coarse-grained molecular dynamics of ligands binding into protein: The case of HIV-1 protease inhibitors, J. Chem. Phys. 130, 215102 (2009). gating とドラッグデザインが何か結びつかないかねえ。

床屋 and one に行く。脳科学の話になる。 昼は松屋でハンバーグ定食。後で大峰先生の記念講演の模様を聞く。 コーヒータイムは来月の横浜の研究会の話など。 雑誌会は HIV-1 protease の粗視化モデルのブラウニアンダイナミクスの話。Gromacs でできるのか…

久々に晴れた。しかし蒸すなあ。 10時半から MTNG くんのセミナ。レプリカ交換や、拘束条件の実装、その粗視化された string 法への応用について。しかし、TRD さんのコードの名前をどうすべきか。。 昼は食堂の外でほっけ。しかし、蒸すなあ。 KDR さんと2…

FRT さんにもらった mol2 ファイルから、リガンドの初期座標作り。 昼は海老フライ。健康診断が気になる面々。 コーヒータイムは旭川動物園、越生ハイキング、東京都現代美術館、ゾンビクライストなどについて。 ACP 論文直し。MTNG くんに２面角微分のノー…

IIDK さんから勧められる。Blue moon sampling との絡み。。

久々に晴れ。洗濯。 住民税を払う身分に漸くなる。しかし、これで半年分か。。来年からが怖い。 昼はアジフライ。TRD さんの MDコードの話など。 やはり３次の微分を数値的にやろうとすると、かなり問題があるか。小さい系ならいいが。。 夜はハンバーグ。

Agung Budiyono and Ken Umeno, Madelung fluid model for the most likely wave function of a single free particle in a two-dimensional space with a given average energy, Phys. Rev. A 79, 042104 (2009). 前に教えてもらったアグンさんの論文。

頭痛ぎみ。昨日の夜寒かったからなあ。 昼はもちもち水餃子。ガーデニングの話など。 ACP 論文の校正も始める。しかし、頭痛で集中できん。。 コーヒータイムは FKD さんのコメント論文の話など。はたして FKD さんは MD 屋と認識されているかと。 絵を引用…

Z. Yang, P. Majek, and I. Bahar, Allosteric Transitions of Supramolecular Systems Explored by Network Models: Application to Chaperonin GroEL, PLOS 5, e1000360 (2009). とにかく長い！

梅雨の合間に洗濯。 昼はドトールでミラノサンド。 コーヒータイムは8月の分子スケールワークショップの件。場所は駒場なのか、ということで、駒場周辺の話。 雑誌会は Bahar の adaptive ENM というものを使って、GroEL の構造変化のパスを決めるよ、という…

ISKW さんにいろいろ誤解させてしまった。。 昼は牛肉炒め。村山容疑者は和光に住んでいる話と、朝霞第4小学校の怪の話。

南部研（上智大）。分子研時代はお世話になりました。 柳尾くんは早稲田に着任。みな偉くなっていくなあ。。

蒸すねえ。 昼は鶏肉バンバンジー風。横浜博の様子など。 コーヒータイムは TRD さんの行った横浜博の模様、ドラえもんなど。 OM法に関するドラフトを書き始める。

晴れそうなので、洗濯。 昼はドイツ風。TRD さんは横浜開国博150に行くと。入場料かかると。お子さんは、横浜中華街は中国だと思っていると。。 コーヒータイムはアメリカの車事情など。この話題、数カ月おきにでるか？ OMレプリカ交換はときどき変になると…

Karunesh Arora and Charles L. Brooks III, Functionally important conformations of the Met20 loop in dihydrofolate reductase are populated by rapid thermal fluctuations, J. Am. Chem. Soc. 131 (2009) 5642-5647. 確かに Transition state theory…

SG さんの PIMD をインストールして、とりあえずテスト。しかし、Gaussian と連動させるのが（理研では）ちょっと問題ありか。。 昼はホイコーローっぽいもの。昨日の李さんの論文紹介のことなど。いろいろ謎めいている論文のようだなあ。 コーヒータイムは…

昼はそば。 その後、皆の勧めで、飯田橋、日本橋経由で稲荷町へ。 SG さんと５時間ほどいろいろ議論や PIMD コードのことを教わったり。 帰りは SG さんと渋谷経由で帰る。

OM 法を長く流す。しかし、PC クラスターは混み混みなので、share に。。しかし、こっちも混みこみで使えん！ 昼はチキン。粗視化された string 法のことについて。 コーヒータイムは定額給付金を何に使ったか、駒場のフレッシュネスバーガー（一号店）はま…

Water and Biomolecules: Physical Chemistry of Life Phenomena (Biological and Medical Physics, Biomedical Engineering)作者: Kunihiro Kuwajima,Yuji Goto,Fumio Hirata,Masahide Terazima,Mikio Kataoka出版社/メーカー: Springer発売日: 2009/03/24…

フォン・ノイマンの生涯 (朝日選書)作者: ノーマンマクレイ,Norman Macrae,渡辺正,芦田みどり出版社/メーカー: 朝日新聞社発売日: 1998/09メディア: 単行本購入: 2人 クリック: 16回この商品を含むブログ (16件) を見る情報時代の見えないヒーロー[ノーバー…

IIDK さんからいろいろと燃料電池に関するメールが。。 昼は鯖。李さんと Domcke やら Hynes やらの話など。 レプリカ交換して、データを吐き出す部分を作る。面倒。 コーヒータイムは徳島のホテルと、４０過ぎたら眼圧を測ったほうがいいという話。 フッチ…