D.L. Ermak and H. Buckholz, Numerical Integration of the Langevin equation: Monte Carlo Simulation, J. Comp. Phys. 35 (1980) 169-182. A. Brunger, C.L. Brooks III, and M. Karplus, Stochastic boundary conditions for molecular dynamics simula…

Langevin 方程式をどう数値的に解くのが普通か、という話になる。 昼は五目ご飯。TRD さんのお子さんは、キッザニアでお医者さんごっこをやったらしい。 ヨンに日本セラミクス協会の論文をコピーして送る。奥さん用らしい。。 コーヒータイムは旅費や予算の…

H. Fujisaki, K. Yagi, J.E. Straub, and G. Stock, Quantum and Classical Vibrational Relaxation Dynamics of N-Methylacetamide on Ab Initio Potential Energy Surfaces, Int. J. Quantum Chem. 109 (2009) 2047–2057. Prof. Hirao 記念号。

洗濯。 昼は肉野菜炒め。原研のことなど。 一番基本のランジェバンの数値解法に戻る。 コーヒータイムは豚インフルエンザ、結核、キッザニアなど。 漸くレプリカ交換で温度を交換するのと配置を交換するのが同じであることが腑に落ちる。 SG さんと多次元化…

とりあえず、SG さんと理研の Tully's に行く。 昼は牛肉ニンニク炒め。ドイツ関連の話など。 ２時から SG さんのセミナ：経路積分分子動力学法の基礎。千葉大から来た学生さんもいて、稀に見る盛況。質問もいろいろ出る。アンドレイさんも質問していた。 コ…

パスサンプリングコードを大自由度用に書き直しだす。 昼は酢豚。MYST くんはこれから MPI 講習会に行くと。大塚さんに久々に会う。 結構寒いので、研究室に暖房をつける。 産総研の川畑さんに久々にお会いする。量子カオスって何だったんでしたかね、という…

洗濯。 パスレプリカは交換し出す。 昼は豚の胡麻和え。草序ｲ容疑者の話など。 その後、原研。会議室が空いてないので、喫茶店でいろいろ議論。 夜は豚キムチ。

J.A. Hanson, K. Duderstadt, L.P. Watkins, S. Bhattacharyya, J. Brokaw, J.-W. Chu, and H. Yang, Illuminating the mechanistic roles of enzyme conformational dynamics, PNAS 104 (2007) 18055–18060.

ゲゲゲの女房作者: 武良布枝出版社/メーカー: 実業之日本社発売日: 2008/03/07メディア: 単行本購入: 14人 クリック: 441回この商品を含むブログ (166件) を見る洗濯ののち日医へ。 昼はカレーを御馳走になる。 その後、理研。コーヒータイムはささっと。 雑…

Miles を聞きながら小雨の中、理研へ。 昼は照り焼きチキン。Shaw や Schulten の話など。 ２時から FKD さんのセミナ。測度保存マップについて。その後、能勢フーバーの導出について揉める。 KDR さんとフーリエ空間でのパスサンプリングについて議論。 帰…

高知から文旦届く。 フーリエ空間でのランジェバン方程式は２次元までだいたい終わる。 昼は豚キムチ。先週土曜の理研一般公開には１万人くらい来ていたらしい。 SG さんのセミナ情報を CPML に流す。皆さん、来てください。研究棟本館４階です。 コーヒータ…

頭痛ぎみなこともあり、家で作業。 昼はとろろざるそば。 歯医者。これで一旦終了。 夜は茄子の肉味噌炒め。電子レンジで焼き芋をおいしく作る方法を見る。

A.E. Cho, J.D. Doll. and D.L. Freeman, The construction of double-ended classical trajectories, Chem. Phys. Lett. 229 (1994) 218.

Fourier path を実装しようとするもいろいろと問題が。SG さんからもそういうメールが。 昼は海老イカのタルタルソース付け。セミナーの順番の話など。 ２時から TRD さんのセミナ。網羅的ＭＤと経路のベイズ推定、Platypus の現状など。 コーヒータイムは裁…

J.J. Gray, S. Moughon, C. Wang, O. Schueler-Furman, B. Kuhlman, C.A. Rohl and D. Baker, Protein–Protein Docking with Simultaneous Optimization of Rigid-body Displacement and Side-chain Conformations, J. Mol. Biol. 331 (2003) 281–299. A.A. …

奥さまは魔女 [DVD]出版社/メーカー: ソニー・ピクチャーズエンタテインメント発売日: 2005/12/21メディア: DVD クリック: 17回この商品を含むブログ (91件) を見るOM 作用を使った MD の実装を始める。SG さんはさっそくアラニンジペプチドで経路積分計算。…

パリの Marc Baaden からメール来る。Fujisaki-san と。 昼はトンカツ。原研のセキュリティーはどうなったいるのかなど。 その後、上野の原研に向かう。志賀さんと経路積分を使った経路計算について５時間ほど話し込む。 夜は豚ステーキ。昼と同じか。。

Tadaomi Furuta, Kentaro Shimizu, Tohru Terada, Accurate prediction of native tertiary structure of protein using molecular dynamics simulation with the aid of the knowledge of secondary structures, Chem. Phys. Lett. 472 (2009) 134-139. FRT…

洗濯ののち、歯医者。２時間近くかかる。 昼は和光駅北口のそば屋。 USI さんももう Watchmen 見たらしい。旦那さんには青いおじさんが不評だったらしい。。 コーヒータイムは MTNG くんのグアム結婚式の模様について。 フーリエパスサンプリングを実装する…

Watchmenアーティスト: Tyler Bates出版社/メーカー: Reprise / Wea発売日: 2009/03/03メディア: CD購入: 1人 クリック: 1回この商品を含むブログ (2件) を見る昼はラーメン。 越谷レイクタウンに行って Watchmen を見る。難しいという人もいるようだが、エ…

KKC さんとチャット。ううむ、平均すると違うものが見えるか。 昼はドイツ風グリル。来週の木曜はグループミーティングやると。 フーリエ経路について考える。 コーヒータイムは OM 法について。いろいろと細かいところを皆で考える。

桜が散っている。 昼は天丼。子供の読書感想文などについて。 成果報告書の一部を書いてメール。 コーヒータイムは FKD さんのお子さんの入学式について。最近はランドセルもいろいろあると。 CG-string 法をどうするか目星をつける。OM 法は T が小さいと直…

D. R. Weiss and M. Levitt, Can morphing methods predict intermediate structures? J. Mol. Biol. 385, 665-674 (2009).

各方面にメール。 昼は豚の味噌焼き。英文校正について。MTNG くんの最近の論文で六万円かかっていると。 コーヒータイムは結婚指輪のことなど。 ４時から雑誌会。Levitt らの粗視化モデルで morphing path をもとめるいくつかのサーバーの紹介。物理的な原…

洗濯。 KKC さん用にデータ整理。山梨大に移った YG くんからメール。 昼はレモン風味牛肉。所長の話など。 MTNG くんに VMD の draw コマンドで半透明にするにはどうするか聞く。graphics top material Transparent だと。 コーヒータイムは駒場のことやク…

G. Stock, Classical Simulation of Quantum Energy Flow in Biomolecules, Phys. Rev. Lett. 102 (2009) 118301. ゲラルドの論文出ました。 Yong Zhang, Hiroshi Fujisaki and John E. Straub, Mode-Specific Vibrational Energy Relaxation of Amide I′ an…

漂流教室 1 (ビッグコミックススペシャル)作者: 楳図かずお出版社/メーカー: 小学館発売日: 2007/10/30メディア: コミック購入: 3人 クリック: 66回この商品を含むブログ (87件) を見るセミナ準備。 昼はそば。MTNG くんは引っ越し先を焼肉屋の近辺に決めた…

昼は焼きそば。 実家に帰っていろいろ荷物をとってくる。 黒目川の桜を見に行く。 町山映画ウォルマートを見る。たしかにオセロの白い方のつっこみが的確。

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