うーむ、Landau-Teller がうまく行ってないようで、また元に戻る。

MYST くんは出産準備で大変そうだ。出国準備もあるし。 昼はボストン巻き。９ドルもしたが味がしない！ 事務に行って、給料の手続きといろいろ証明書がもらえるか算段。ナオミやエレーンにもメール。 ジョンのプロポーザルのアブストを眺める。NIH の予算な…

A.E. Garcia and G. Hummer, "Water penetration and escape in proteins," Proteins 38, 261-272 (2000).

チトクロムｃの揺らぎと溶媒アクセス面積などを調べる。

洗濯。昼はパスタ。 ノーパソが久々に固まって、リセットボタンを押したら CD ドライブが使えるように！デリケートだなあ。 カナダ行きもなかなか日程が決まらず。 ジョンはいろいろプロポーザルを印刷している模様。 夜はカレー。

シェルスクリプトが少々改善される。SPASIBA はまだ実装できん。

ボクダンはポスターを卒なくこなしたよう。 昼はスタバでサンドイッチ。 学会や研究会ネタ仕込み。果たして間に合うのか(^^ゞ。 Led Zeppelin のベスト盤CDを読み込もうとしたらまた CD ドライブがおかしくなった。オーストラリア盤なのが曲者か。 夜はおで…

さていいかげん研究会用のタイトルを決めねば。

北尾さんや Garcia-Hummer の論文再読。 昼はバーガーキング。その後、スタバ。 EGO でミオグロビンの計算をしている Carme Rovira さんと、SPASIBA 力場の開発者からメール。 いきなりジョンから振られた明日の朝のポスター発表はボクダンがやってくれるら…

Kenneth Falconer, Fractal Geometry: Mathematical Foundations and Applications, Wiley, 2nd ed. (2003). 借りた本。〆切は７月７日。

久しぶりに MYST くんからメール。３月末にはボストンに来れると。 昼はうどん。初めて BU で本を借りる。で、MYZK さんと議論していた問題点は解決。Cannistraro らの誤解だった(^^ゞ。 ヨンといろいろ議論。今更ながら、やろうとしていることが昔の北尾さ…

M. Tarek and D.J. Tobias, "The dynamics of protein hydration water: A quantitative comparison of molecular dynamics simulations and neutron-scattering experiments," Biophys. J. 79, 3244-3257 (2000).

ヨンを交えて、ベリーさんとちょこっと議論。 昼は Faculty 用のラウンジへ。相変わらずあまりうまくない。しかし、ベリーさんによると MIT 近くのリーガルシーフードは最近不味くなったということ。ラウンジの学生たちを見て、学生時代には戻りたくないとア…

やっとのことでスキャナ注文。 昼はそば。 ガラスのお勉強。明日のベリーさんの準備。 夜は鰻丼。

PNAS の校正の校正の更に校正。

５センチほど積もる。大統領の日で休み。 昼はうどん。自宅待機。 夜はクラムチャウダーなど。プリズナーA Change of Mind と Hammer Into Anvil を見る。後者は No.2 の馬鹿っぷりが楽しい。

PNAS の校正の校正。MYZK さんとの議論から出来ることを考える。

I, Robot を見る。なかなか悪くないんじゃないすか。 昼はパスタ。 １月２８日に壊れたと思っていたノーパソの CD-RW ドライブが復活。圧縮ガスをレンズ付近に吹きかけたら直りました。 夜は牛の叩きなど。

寒いので防寒着を出す。村上春樹の「世界の終わりとハードボイルド。。。」を読みながら洗濯。 昼はインドカレー。その後、BU。 CHARMM フォーラムの皆様のお陰で、ユーザーサブルーチンの問題とシェイクしたときの力の問題はなんとか解決の方向に。 MYZK さ…

スキャナはグラントからは落ちにくいとマイクからメール。 Tea party 用の買出し。さっそくジョンが来週いないらしい。 昼はうどん。吉野屋に買出し。MYZK さんとメールのやりとり。 ４時半から tea party. 最初は人っ子一人いなかったが、なんとか盛況に。…

スキャナは買っていいことに。CanoScan LiDE 80 にするか。 いい加減、研究会のアブストを書かなくては(^_^;)。FCGM くん済まん。 昼はそば。カナダ行きでいろいろもめる。 MYZK さんとガラス周辺でいろいろとメールのやりとり。 また力をどうやって出力する…

Straub-Karplus モデルを実装しようもするもまた失敗。Landau-Teller 型の計算を見直すも混乱。

地震があったということで日本に電話。 １２時１５分からジョンと３０分以上話す。 昼は辛ラーメン。 ２時から L. Ziegler さんのセミナで、Surface Enhanced Raman Scattering でバクテリアを認識する話。アメリカで予算取りやすい話だなあ。 ボクダンから …

M. Tarek and D.J. Tobias, "Role of protein-water hydrogen bond dynamics in the protein dynamical transition," Phys. Rev. Lett. 88, 138101 (2002).

会議だか何かが入ってセミナは午後に。 TKM さんはシニョリンの計算をしているのですか。 外付け HD を認識しないという問題は何とか一時的にファイルを移行することで回避。 昼はうどん。さちこんが家に来たらしい。 キムさんのセミナで新しいサンプリング…

R. Srinivasan, J.S. Feenstra, S.T. Park, S. Xu, A.H. Zewail, "Dark structures in molecular radiationless transitions determined by ultrafast diffraction," Science 307, 558-563 (2005).

EGO の使い勝手についてドイツ勢とメールのやりとり。 Gaussian の問題はファイルの最後にブランクを入れてないからだと判明(^^ゞ。

ああ、もう HBO が見れなくなってる(^^ゞ。 アムネットで旅券を予約。 昼は辛ラーメン。 スキャナを買おうとするも迷って止める。で皆に振る。 PRA のレフリー依頼が来る。なんと separable state って product state の mixture も入るのか。 夜は秋刀魚+チ…

昼はインドカレー。YOME さんと職の問題を議論。 Gaussian を使おうとするも早速こける。 夜はうどん。プリズナーSchizoid Man を見る。

ヨンと QM/MM でヘシアンをどう計算するかメールのやりとり。やっぱ１点計算でも結構時間がかかるのですね(^^ゞ。